【税理士が解説】税務調査の流れとは？事前準備から調査終了まで徹底ガイド

横浜市で税務調査の立会いや、確定申告のサポートを手掛ける、税理士の岩本隆一です。

「税務調査」と聞くと、なんだか得体の知れない怖いイメージがありませんか？
実は僕も、税理士業界に入る前は少しビビっていました（笑）。しかし、プロとして数え切れないほどの現場に立ち会ってきた今なら、はっきりと断言できます。

「全体の流れさえ理解していれば、税務調査は全然怖くない」と。

ゴールまでの道筋が見えないから不安になるだけで、適切な準備と対応の手順を知っていれば、むしろスムーズに終わらせることができます。このコラムでは、「税務調査って何をするの？」「どんな準備が必要？」という疑問にお答えするため、通知から終了までの全体像をステップ順に分かりやすく解説します。

ステップ1：税務調査が来る「タイミング」と「対象」

まず、「いつ税務調査が来るの？」という疑問からお話しします。

税務調査には、明確に増えるタイミングがあります。一般的に最も多いのは「7月から12月（特に秋口）」です。これには理由があり、税務署の人事異動が7月に行われるため、新体制での調査が夏以降に本格化するからです。

僕の経験上、こんな会社や個人が調査対象に選ばれやすい傾向にあります。

• 現金商売（飲食店、美容院、建設業など）
• ネット通販などで急成長し、売上が大きく伸びた企業
• 高額な相続があった個人
• 過去に申告漏れや無申告があった事業者

要するに「お金の流れが見えにくい」「数字に急激な変化があった」ところが注目されやすいということです。とはいえ、これらに該当していても適正な申告を続けていれば何も問題ありません。
（※より詳しい時期の傾向は、個人の方向けの「個人の税務調査のタイミングはいつ？調査官が動く時期と傾向を徹底分析」、法人向けの「税務調査が法人に入るタイミング｜時期の特徴と準備すべきこと」もご参照ください）

ステップ2：税務署からの「事前通知」（電話の受け方）

税務調査の通知は、多くの場合、事前連絡として「電話」でやってきます。

突然「〇〇税務署の△△と申します。税務調査に伺いたく…」と電話が来るとパニックになりがちですが、まずは落ち着いてください。慌てて対応すると、必要な情報を聞き逃してしまいます。必ずメモを取りながら、以下の内容を確認しましょう。

• 対象となる税金の種類（法人税、消費税など）と対象期間（過去3年分など）
• 調査を行いたい希望日程
• 準備してほしい書類

ここでよく「調査は断れるの？」と聞かれますが、税務調査は法的な義務（受忍義務）があるため断ることはできません。ただし、「日程調整」は可能です。繁忙期などを理由に、無理のない日程（1〜2週間後など）へ変更してもらうことは正当な権利です。
そして電話を切ったら、すぐに税理士へ連絡してください。
（※初期対応のコツは「税務署から電話・通知書が来たら？冷静に対処する方法」で詳しく解説しています）

ステップ3：調査当日までの「事前準備」（1〜4週間）

通知を受けてから実際の調査日まで、通常1〜4週間程度の準備期間があります。この期間の使い方が、調査の明暗を大きく分けます。

必要書類の準備

調査官から要求される主な書類は以下の通りです。これらを指定された年数分（通常3〜5年分）揃えます。

• 帳簿関係：総勘定元帳、現金出納帳、預金通帳（全ページ）、請求書、領収書など
• 契約書類：取引先との基本契約書、賃貸契約書、リース契約書など
• その他：株主総会や取締役会の議事録、給与台帳など

心構えと対応方針の決定

当日「誰が対応するか」「グレーゾーンの経費をどう説明するか」を社内で決めておきます。僕がお客様に必ずお伝えするのは、「聞かれたことには正直に答えるが、余計なおしゃべりはしない」ということです。調査官は会話の中から情報を引き出すプロフェッショナルです。
（※通知から当日までの具体的な動き方は「税務調査通知から実地調査までの7日間アクションプラン｜到着直後にやるべき10ステップ」をご覧ください）

ステップ4：いよいよ「実地調査」当日

いよいよ調査当日です。一般的な中小企業の場合、朝10時から夕方頃までのスケジュールで、1日〜2日（規模によってはそれ以上）かけて行われます。

1. 概況の聞き取り（1〜2時間程度）

まずは社長へのヒアリングから始まります。事業内容、主な取引先、経理のフローなどの基本的な質問です。世間話のように和やかに進むことも多いですが、調査官はここで「お金の流れの全体像」を把握しています。

2. 帳簿・書類の確認（メイン作業）

ここからが本番です。調査官が帳簿や領収書をパラパラとめくりながら、気になる取引をピックアップして質問してきます。
「この高額な経費の内容は何ですか？」
「この売上の入金はどこに記載されていますか？」
もしその場で答えられない場合は、適当に答えず「確認して後日お答えします」と伝えるのが鉄則です。

3. 現場確認

必要に応じて、事務所の金庫の中身や、在庫が置かれている倉庫などを見て回ることもあります。
（※当日のより詳しいシミュレーションは「「実地調査“当日”完全シミュレーション｜社内オペレーションと担当者別タスク分担表」」で解説しています）

ステップ5：調査終了と「その後の対応」

実地での調査が終わると、税務署へ持ち帰っての検討期間に入り、最終的な結果が出るまで1〜3ヶ月程度かかります。結果は大きく分けて3つのパターンになります。

パターン1：申告是認（問題なし）

「特に問題はありませんでした」と通知され、終了となります。日頃から適正な申告ができている証拠であり、最も望ましい結果です。

パターン2：修正申告

「この経費は認められません」「売上の計上時期がズレています」といった指摘を受け、それに納得して自ら申告をやり直す（修正申告書を出す）パターンです。追加の税金（本税＋過少申告加算税＋延滞税）を納付して終了となります。

パターン3：更正処分

税務署の指摘にどうしても納得できず、修正申告に応じなかった場合、税務署側が一方的に税額を決定（更正）します。不服申し立ても可能ですが、時間と労力が大きくかかります。意図的な隠蔽（仮装・隠蔽）と判断された場合は「重加算税」という最も重いペナルティが課されます。
（※調査後の流れについては「税務調査が終わった後はどうするの？申告是認と修正申告ガイド」で詳しく解説しています）

流れが見えれば、少し気持ちが楽になりませんか？
税務調査は決して恐ろしいものではありません。むしろ、「自分の経理処理をプロの目で見直す良い機会」と前向きに捉えることもできます。

税務署からの通知は驚くことでしょう。岩本隆一税理士事務所へご連絡いただければ、状況を整理し、調査当日までしっかりと伴走いたします。ベストな解決策を一緒に見つけていきましょう。

（※国税庁の「税務調査手続に関するFAQ」にも一般的な手続きがまとめられていますので、併せてご確認ください。）

執筆者紹介

不安を安心に変える、横浜で最も信頼される経営者の味方へ。

「税金のことが分からない」「税務署から連絡が来て不安だ」「申告期限が迫っている」など、
どんなことでも一人で悩まずご相談ください。横浜市密着の岩本隆一税理士事務所が、あなたの「一番の理解者」として全力でサポートします。
初回相談は無料、LINEでのご相談や土日夜間の対応も可能です。

お電話でのご相談

045-900-6098
受付時間: 8:00～19:00（土日祝日休み）

LINEで相談する メールで相談する