消費税の税務調査に備えるには？課税方式・インボイス・準備資料の確認ポイント
消費税の税務調査では、売上や経費の金額だけでなく、その取引に消費税がかかるか、どの計算方法を使えるか、必要な書類が保存されているかを確認します。
所得税や法人税で経費になる支出でも、消費税の仕入税額控除ができるとは限りません。また、調査の対象となる年や事業年度によって、インボイス制度や経過措置の取扱いが変わります。
この記事では、国内の一般的な個人事業主・中小法人を想定し、消費税について調査前に整理したい点を説明します。
課税期間ごとに、次の4点を対応させて整理します。
1．まず、課税期間ごとの申告方法を並べる
過去の申告書、届出書、インボイスの登録通知を用意し、各年・事業年度について次の項目を一覧にしましょう。
- 課税期間の始まりと終わり
- 課税事業者となった理由と、インボイスの登録日
- 一般課税、簡易課税、2割特例など、申告に使った計算方法
- 計算方法の適用を判断した売上高と、提出した届出書
- 申告書と税額の計算資料の保管場所
現在の方法を、過去のすべての期間に当てはめないことが大切です。
消費税の納税義務は、原則として基準期間の課税売上高で判定します。基準期間は、個人事業者は前々年、事業年度が1年の法人は前々事業年度です。「今年の売上が1,000万円以下だから申告不要」とは限りません。特定期間による判定、インボイス登録、課税事業者を選択した届出なども確認します。新設法人や高額な資産の取得等には別の判定があるため、該当する事情を整理してください。
参考：国税庁「No.6501 納税義務の免除」
2．売上と入金を照合し、取引ごとの税区分を確認する
売上帳、請求書、契約書、レジや決済サービスの記録、預金の入出金を照合します。入金だけを売上として記帳している場合は、未入金の売上や、決済手数料が差し引かれた入金なども確認しましょう。
そのうえで、課税・非課税・免税・課税対象外の区分と適用税率を、取引の内容に沿って見直します。会計ソフトの勘定科目や初期設定だけで判断しないようにします。
例えば、住宅の貸付けは一定の要件の下で非課税となりますが、事業用の建物の貸付けと同じ扱いではありません。補助金等は通常、対価性がないため課税対象外ですが、名目だけで決めず実際の内容を確認します。
また、本業の売上とは別に、事業用の車両や機械を売却した場合なども確認が必要です。取引日によって適用税率や制度が変わることがあるため、対象期間の取扱いを使って整理します。
参考：国税庁「No.6105 課税の対象」「No.6201 非課税となる取引」
3．一般課税では、仕入税額控除の根拠を取引と結び付ける
一般課税では、実際の課税仕入れ等に係る消費税額を基に控除額を計算します。給与等の支払は課税仕入れに含まれず、外注費として記帳していても、実態が雇用による給与であれば同じように控除することはできません。
また、適格請求書があるだけで、すべての支出が控除対象になるわけではありません。実際の取引、事業との関係、課税・非課税の別、課税売上割合等に応じた計算も確認します。
参考：国税庁「No.6451 仕入税額控除の対象となるもの」「No.6401 仕入控除税額の計算方法」
帳簿と請求書等の確認
仕入税額控除には、原則として所定の事項を記載した帳簿と、適格請求書等の保存が必要です。帳簿の取引相手・日付・内容・金額と、請求書や領収書の記載が対応するように整理しましょう。
受け取った請求書等は、登録番号、取引年月日、取引内容、税率別の金額や消費税額等を確認します。適格請求書と適格簡易請求書では必要な記載事項が異なります。「宛名がないからすべて無効」などと一律に判断しないことも大切です。
参考：国税庁「No.6497 仕入税額控除のために保存する帳簿および請求書等の記載事項」
No.6497 仕入税額控除のために保存する帳簿および請求書等の記載事項
請求書等を保存していない取引
帳簿だけの保存で控除が認められる特例もあります。例えば、一定規模以下の事業者が行う税込1万円未満の課税仕入れには、2029年9月30日までの少額特例があります。事業者の売上規模や取引金額等の要件を確認する必要があり、誰でも少額の領収書を処分してよいという意味ではありません。
見つからない資料や保存していない資料は、その状況を正確に説明できるようにします。対象取引を一覧にし、再発行や写しの入手などを確認してください。確認できていないのに「後日必ず提出できる」と約束したり、資料の状態について事実と違う説明をしたりしないようにしましょう。カード明細や通帳だけで、必ず保存要件を満たせるとは限りません。
参考：国税庁「No.6496 仕入税額控除をするための帳簿及び請求書等の保存」
No.6496 仕入税額控除をするための帳簿及び請求書等の保存
4．免税事業者等からの仕入れは、取引日ごとの経過措置を確認する
インボイス発行事業者以外からの課税仕入れについても、一定の要件を満たせば、仕入税額相当額の一部を控除できる経過措置があります。控除できる割合は、取引日に応じて変わります。
- 2023年10月1日〜2026年9月30日：80％
- 2026年10月1日〜2028年9月30日：70％
- 2028年10月1日〜2030年9月30日：50％
- 2030年10月1日〜2031年9月30日：30％
2026年10月からは70％です。古い予定表の「2026年10月から50％」をそのまま使わないよう注意しましょう。
割合の切替えは、原則として課税仕入れの時期で判断します。商品の購入は引渡日、役務の提供は約した役務の全部が完了した日が基本です。請求書の発行日や支払日だけで、80％・70％を振り分けないようにします。
参考：国税庁「インボイスQ&A 問113-3」
この措置には、区分記載請求書等と同様の事項を記載した請求書等と、経過措置を適用する取引である旨などを記載した帳簿の保存が必要です。相手が未登録であるという理由だけで自動適用されるものではありません。
一の免税事業者等からの対象仕入れには年間等の適用上限もあります。2026年10月1日以後に開始する課税期間では、税込1億円を超える部分に経過措置を適用できません。控除割合が変わる「取引日」と、上限変更の基準となる「課税期間の開始日」を分けて確認してください。
参考：国税庁「令和8年度税制改正特集」「No.6498 適格請求書等保存方式（インボイス制度）」「インボイスQ&A 問113」
5．簡易課税・2割特例等では、適用要件と売上区分を確認する
簡易課税は、原則として所定の届出を行い、基準期間の課税売上高が5,000万円以下である課税期間に利用できる制度です。調査が来てから、税額が少ない方法へ自由に変更できるわけではありません。届出時期や継続適用などの条件を確認します。
簡易課税の事業区分は、原則として取引ごとに判定します。複数事業がある場合や事業用固定資産を売却した場合は、本業と同じみなし仕入率を使ってよいか確認しましょう。
参考：国税庁「No.6505 簡易課税制度」「No.6509 簡易課税制度の事業区分」
2割特例の適用期間は、2026年9月30日までの日を含む課税期間で判定します。通常の暦年で申告する個人事業主なら、要件を満たす場合は2026年分まで対象です。2026年10月以降の売上だけを別の割合に切り替える制度ではありません。
2027年分・2028年分は、一定の個人事業者向けに3割特例が設けられています。法人は対象外です。制度の詳細と簡易課税との比較は、当事務所の「3割特例の記事」もご確認ください。
簡易課税や2割・3割特例は、仕入れの実額によらず計算するため、その納付税額の計算に当たっては、受け取ったインボイスの保存を要しません。ただし、一般課税と保存要件が違うことを理由に、所得税・法人税上の帳簿や書類の保存義務、インボイス発行事業者として交付した書類の写しの保存義務までなくなるわけではありません。
参考：国税庁「インボイス制度について」「No.6498 適格請求書等保存方式（インボイス制度）」「令和8年度税制改正特集」
6．調査の連絡を受けたら、対象と未確認事項を整理する
税務署から連絡があったら、担当部署・担当者、連絡の目的、対象税目と課税期間、日時・場所、求められている資料を確認します。消費税だけの確認なのか、所得税や法人税も含むのかも確かめましょう。
調査の事前通知は原則として行われますが、通知しない場合もあります。通知の時期や調査にかかる日数は、一律には決まっていません。通知された対象期間、税務署が更正・決定をできる期間、帳簿や書類の保存期間は別のものです。「通常は3年だから、それ以前の資料は不要」「保存期間が7年だから、すべての調査は7年」とは判断しないでください。
事前通知後に対象期間等が追加されることもあります。不明な点は、対象と求められている資料を担当者へ確認します。調査の流れ全体は、当事務所の解説をご参照ください。
資料は、次の順で取り出せるようにすると説明しやすくなります。
- 申告書と計算資料
- その計算に使った帳簿・税区分別の集計
- 取引を示す請求書・契約書・納品や役務提供の記録
- 入出金や決済の記録
- 判断した理由や、まだ確認できていない事項のメモ
誤りに気づいたら、元の資料を残したうえで、対象期間・取引・税額への影響を整理し、速やかに税理士等へ相談してください。事実と記憶、推測を区別し、分からないことをその場で断定しないようにしましょう。
参考：国税庁「税務調査手続に関するFAQ（一般納税者向け）」
よくある質問
Q．赤字でも消費税が発生することはありますか？
A．あります。消費税は所得税・法人税の利益にそのまま税率を掛ける仕組みではありません。課税売上げ、仕入税額控除、利用している計算方法等に基づいて税額を確認します。
参考：国税庁「No.6351 納付税額の計算のしかた」
Q．インボイス登録をしていれば、申告も済んだことになりますか？
A．登録と申告は別の手続です。登録した日や納税義務の判定、対象となる課税期間を確認し、必要な申告・納付を行います。
Q．資料は何年分準備すればよいですか？
A．まず通知された対象期間と求められている資料を確認します。調査対象期間と法定の保存期間は別のため、通知対象外の資料を処分する理由にはなりません。保存期間の詳しい整理は、当事務所の解説をご確認ください。
国税庁が公表した事例：輸出物と通関書類の食い違いから、架空の仕入れが判明した事例
国税庁の「令和6事務年度 法人税等の調査事績の概要」では、消費税の還付申告をした法人について、高級品を仕入れて海外に輸出したように見せかけ、消費税の還付を受けようとした事例が紹介されています。通関業者が、輸出貨物の中身が通関書類にある指輪ではなく、ごみだったことを把握し、税務署に情報提供しました。
税務調査で、代表者が仕入先と通謀し、ごみ同然の模造品を高級品と偽っていたことが分かり、架空の課税仕入れと免税売上げが把握されて、消費税約4千万円が追徴されました。仕入税額控除や輸出免税は、書類だけでなく実際の取引と照らして確認されることが分かります。
出典：国税庁「令和6事務年度 法人税等の調査事績の概要」（7ページ・消費税還付申告法人に対する事例）
まとめ
消費税の調査準備は、課税期間ごとに「納税義務」「計算方法」「取引の税区分」「保存資料」を対応させることから始めましょう。
インボイスや経過措置は、現在の制度だけでなく、確認する取引日や課税期間に応じたルールを使うことが大切です。申告書と帳簿、取引資料をつなげ、判断が難しい部分を具体的に相談できる状態にしておきましょう。
当事務所では、消費税の申告内容や税務調査に向けた資料整理のご相談を承ります。ご依頼に関する初回相談・お見積もりは無料です。具体的な調査・検討が必要なご相談は、内容を伺ってご案内します。電話受付は平日9〜17時、土日祝・夜間のご相談は事前予約です。
※2026年11月5日時点で確認した公表資料に基づく一般的な解説です。個別の取扱いは、対象期間、事業内容、届出、取引・保存の状況等によって異なります。
執筆者紹介
岩本隆一税理士事務所
代表税理士・行政書士
岩本 隆一Ryuichi Iwamoto
準大手税理士法人で多くの実務を経験後、横浜市西区で独立。「経営者の孤独と本音に寄り添うパートナー」を信条に、代表自らが直接対応します。IT（クラウド会計・LINE）を活用して業務を進めます。土日祝・夜間の対応は事前予約制です。横浜F・マリノスを愛する生粋の横浜っ子です
税務・申告に関するご相談を承ります。
「税金のことが分からない」「税務署から連絡が来て不安だ」「申告期限が迫っている」など、
どんなことでも一人で悩まずご相談ください。横浜市密着の岩本隆一税理士事務所が、税務・申告についてサポートします。
ご依頼に関する初回相談・お見積もりは無料です。具体的な調査・検討が必要なご相談は、内容を伺ってご案内します。LINEでのご相談も承ります。土日祝・夜間の対応は事前予約制です。
お電話でのご相談
045-900-6098
電話受付：平日9〜17時、土日祝・夜間は事前予約
横浜市地域密着・
スピード対応
横浜市全域対応
横浜市全域
鶴見区、神奈川区、西区、中区、南区、港南区、保土ケ谷区、旭区、磯子区、金沢区、港北区、緑区、青葉区、都筑区、戸塚区、栄区、泉区、瀬谷区
※横浜市地域密着で対応しております。資料のやり取りは郵送やデータ共有でも可能です。
