医療法人化のメリット・デメリットと横浜市での手続きの流れ

横浜市でクリニック・歯科医院の税務と医療法人設立のサポートを手掛ける、岩本隆一税理士事務所の代表、岩本隆一です。

個人で開業されている先生から、「そろそろ法人化した方がいいと言われたけれど、本当にメリットがあるのか」「手続きにどれくらい時間がかかるのか」というご相談を多くいただきます。医療法人化は、税金の面だけでなく、社会保険、事業承継、分院展開、毎年の事務負担など、さまざまな面に影響する大きな決断です。

この記事では、医療法人化のメリットとデメリットを整理したうえで、横浜市内で診療所を開設している先生向けに、横浜市での設立認可申請の流れとスケジュールを解説します。

医療法人とは：現在設立できるのは「持分なし」医療法人

医療法人は、医療法に基づいて病院や診療所を開設・運営する法人です。2007年（平成19年）の医療法改正以降、新しく設立できるのは「持分なし医療法人」のみで、出資者が法人の財産に対する持分を持つことはできません。多くのクリニックが選ぶのは「基金拠出型医療法人」という形態で、設立時に拠出した財産は、将来「基金」として返還を受けることができます（利息はつきません）。

「持分がない」ということは、法人に蓄積した利益は個人の財産にならず、解散時の残余財産は国や地方公共団体、他の医療法人などに帰属するということです。この点が、株式会社とも、かつての持分あり医療法人とも大きく異なります。

医療法人化の主なメリット

• 所得の分散による税負担の見直し：個人の事業所得には最高55%（所得税・住民税の合計）の累進税率がかかりますが、法人の所得には法人税等が一定の税率で課されます。院長は法人から役員報酬を受け取り、給与所得控除が使えるため、所得が大きい診療所ほど税負担の差が出やすくなります。配偶者やご家族が理事として業務に携わる場合は、役員報酬による所得分散も可能です。
• 退職金の支給：個人事業では院長自身に退職金を出せませんが、法人であれば勤続年数に応じた役員退職金を支給でき、退職所得として税負担が軽い形で受け取れます。
• 経費にできる範囲が広がる：役員の生命保険、社宅、出張日当など、法人ならではの経費の取扱いがあります。
• 事業承継・分院展開がしやすい：法人は院長個人と切り離されているため、後継者への引継ぎや、分院・介護事業（訪問看護ステーション、デイケアなど）の展開が制度上スムーズです。個人では分院を開設できません。
• 社会保険の充実と採用力：法人化すると厚生年金・健康保険に加入するため、スタッフの福利厚生が手厚くなり、採用面でのアピールにもなります。

医療法人化の主なデメリット・注意点

• 設立までに半年以上かかる：都道府県・政令市への認可申請は年2回しか受付がなく、素案の提出から認可まで半年程度、そこから登記・保険医療機関の指定を経て法人として診療を始めるまでに、準備期間を含めると1年近く見ておく必要があります。
• 毎年の事務負担が増える：社員総会・理事会の開催と議事録、決算後の事業報告書等の届出、資産総額の変更登記、理事の任期ごとの重任登記などが必要です。2023年度からは、医療法人の経営情報の報告制度も始まっています。
• 社会保険料の負担が増える：常勤スタッフは厚生年金・健康保険への加入が必須となり、法人負担分の保険料が発生します。個人診療所（常時5人未満）で国民健康保険・国民年金だった場合は、人件費の実質的な増加になります。なお、医師国民健康保険組合に加入している場合は、適用除外の承認を受けて医師国保を継続できるケースもあります。
• お金の自由度が下がる：法人の資金は院長個人のものではなく、役員報酬として決めた額しか受け取れません。利益が出ても自由に引き出せず、持分がないため法人に残った財産は個人に戻りません。
• 交際費の損金算入に限度がある：個人事業では事業に必要な交際費は全額経費になりますが、法人では年800万円（または飲食費の50%）までという限度があります。

税負担だけで見れば、目安として課税所得が概ね1,500万円〜2,000万円を超えるあたりから法人化のメリットが出やすいと言われますが、社会保険料の増加や事務コストを含めて、先生ごとにシミュレーションしてみないと結論は出ません。「法人化したものの、思ったほど手元に残らなかった」というケースを避けるためにも、数字で比較してから判断することをおすすめします。

横浜市での医療法人設立認可の流れとスケジュール

横浜市内に診療所がある場合、医療法人の設立認可は横浜市（医療局医療安全課）が所管しています。受付は年2回で、「申請書（素案）の提出 → 事前審査 → 本申請 → 医療審議会 → 認可」という流れで進みます。令和8年度の日程は次のとおりです（いずれも目安で、変更される場合があります）。

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認可を受けたあとは、次の手続きが続きます。

• 設立登記：認可書の交付後、法務局で医療法人の設立登記を行います（登記によって法人が成立します）。
• 診療所の開設手続き：法人としての診療所開設許可・開設届、個人診療所の廃止届を提出します。
• 保険医療機関の指定：関東信越厚生局へ法人としての保険医療機関指定を申請します。個人から法人への切替えでは、診療に空白期間が生じないよう日程を調整します。
• 税務・社会保険・労働保険の届出：税務署・県税事務所・市への法人設立届出書、青色申告の承認申請、個人事業の廃業届、年金事務所への新規適用届、労働保険の手続きなど。
• 各種契約の名義変更：建物の賃貸借契約、リース、銀行口座、医療機器の保守契約などを法人名義に切り替えます。

素案を提出する前の準備（設立時の財産目録の作成、拠出する資産と負債の整理、定款案や事業計画・予算書の作成、役員・社員の人選など）にも2〜3か月はかかります。たとえば「来年4月から法人で診療を始めたい」という場合、前年の春の申請に間に合うよう、年明けには準備を始めるのが現実的なスケジュールです。

法人化を検討するときに確認しておきたい3つのこと

1 法人化後の役員報酬と手取りのシミュレーション

役員報酬をいくらに設定するかで、個人と法人の税負担、社会保険料、手元に残る資金が変わります。「現在の所得で法人化した場合」「数年後の所得を見込んだ場合」の2パターンで試算しておくと、判断しやすくなります。

2 拠出する財産と引き継ぐ負債の整理

医療機器や内装などの資産を法人に拠出するか、個人から法人へ賃貸するか、借入金を法人に引き継ぐかによって、認可申請の書類と税務上の扱いが変わります。医薬品や診療材料は拠出できないなど、横浜市のルールにも注意が必要です。

3 将来の事業承継・分院・介護事業の計画

法人化の最大のメリットは、税金よりも「院長個人と切り離して事業を続けられる」点にあります。後継者の有無、分院や訪問看護などの展開の予定、ご家族の関わり方などを含めて、5年〜10年先の姿を描いたうえで判断することをおすすめします。

まとめ：医療法人化は「数字」と「将来像」の両方で判断する

医療法人化は、所得が大きくなった診療所にとって税負担や事業承継の面で有効な選択肢ですが、社会保険料や事務負担の増加、資金の自由度の低下といったデメリットもあります。横浜市では年2回の申請機会しかなく、準備から法人での診療開始まで1年近くかかるため、「いつ法人化したいか」から逆算した計画づくりが大切です。

当事務所では、横浜市内のクリニック・歯科医院の先生を対象に、法人化のシミュレーション、設立認可申請書類の作成サポート、法人化後の税務・会計・社会保険の手続きまで一貫してお手伝いしています。「法人化すべきかどうか」の相談段階からお気軽にどうぞ。詳しくは医療法人設立サポートのページをご覧ください。

執筆者紹介

岩本隆一税理士事務所
代表税理士・行政書士
岩本 隆一Ryuichi Iwamoto

準大手税理士法人で多くの実務を経験後、横浜市西区で独立。「経営者の孤独と本音に寄り添うパートナー」を信条に、無資格スタッフに丸投げせず代表自らが直接対応します。IT（クラウド会計・LINE）を活用したスピード対応が持ち味で、土日夜間も柔軟に対応します。税務顧問・税務調査対応・相続税申告のほか、経営者向けのコーチングも行っています。横浜F・マリノスを愛する生粋の横浜っ子です。