インボイス登録後に無申告だとどうなる？消費税の申告と対処法

内容確認日：2026年11月5日。インボイス登録後の消費税の申告、2割特例・3割特例、申告が遅れた場合の対応を、国税庁の公表資料に基づいて整理します。

こんにちは、税理士の岩本隆一です。「取引先に求められてインボイス登録をしたけれど、確定申告はしていない」。この場合、まず確認したいのは、所得税などとは別に、消費税の申告が必要になっていないかという点です。

インボイス登録をしただけで、売上額やすべての取引が税務署に自動で伝わるわけではありません。一方、登録後に必要な申告をしていなければ、本来の税金に加え、加算税や延滞税の負担が生じる場合があります。登録日と申告状況を確認し、放置せず整理しましょう。

1. インボイス登録後は、売上1,000万円以下でも消費税の申告が原則必要

インボイス発行事業者として登録を受けると、消費税の課税事業者になります。基準期間の課税売上高が1,000万円以下であっても、登録を受けている間は「小規模だから免税」とは扱われません。消費税の申告を行い、納付税額があれば納付する必要があります。出典：国税庁「インボイス制度について」。

ただし、課税売上げがなく、かつ、納付税額もない課税期間など、確定申告書の提出が不要となる場合もあります。仕入れや中間納付による還付申告ができる場合もあるため、「登録者は事情に関係なく必ず納税する」という意味ではありません。出典：国税庁「申告と納税」。

所得税・法人税の申告とは別の手続

個人事業者の所得税と消費税、法人の法人税と消費税は、それぞれ別に確認します。所得税の確定申告書を提出しただけでは、消費税の申告まで済んだことにはなりません。事業の赤字や所得税額がゼロという事情だけで、消費税の申告が不要になるわけでもありません。

免税事業者が年の途中でインボイス登録により課税事業者になった場合は、原則として登録日以後の課税取引を対象に消費税を計算します。登録前から課税事業者だった場合は、登録日からだけを計算すればよいわけではありません。過去年分についても、その年の課税売上高や届出などを確認する必要があります。出典：国税庁「インボイスQ&A 問7・免税事業者の登録の経過措置」。

申告・納付期限を確認する

• 個人事業者：通常の1年の課税期間は1月1日～12月31日で、消費税の申告・納付期限は原則として翌年3月31日です。
• 法人：原則として課税期間の終了の日の翌日から2か月以内です。申告期限延長の特例などが適用される場合は、個別に確認します。

休日による期限の繰下げ、課税期間の短縮や災害による延長などもあります。所得税の期限と同じだと思い込まず、税目ごとに確認してください。出典：国税庁「申告と納税」。

2. 2割特例は、消費税の申告を不要にする制度ではない

インボイス制度を機に免税事業者から課税事業者となった方など、要件を満たす事業者は、消費税の納付税額を売上税額の2割とする「2割特例」を選べます。売上高の2割を納める制度ではなく、申告を省略できる制度でもありません。事前の届出は不要ですが、申告書に適用を受ける旨を付記する必要があります。出典：国税庁「インボイスQ&A 問114・2割特例」。

例えば、課税対象となる税込売上が550万円で、すべて標準税率10％、返品等がないとします。売上に含まれる消費税・地方消費税は550万円×10／110＝50万円です。2割特例の適用要件を満たす場合の納付税額の目安は、50万円×20％＝10万円になります。実際の申告では国税・地方税の計算や端数処理なども確認します。

対象は「2026年9月30日までに提出する申告」ではない

2割特例の対象は、2023年10月1日から2026年9月30日までの日の属する各課税期間です。課税期間を短縮していない通常の個人事業者は、要件を満たせば2026年分の申告まで対象になります。2026年9月で区切って、その後の売上だけ別の計算方法にするという意味ではありません。法人は決算期・課税期間によって対象が変わります。出典：国税庁「2割特例の概要」。

適用の可否は申告書を提出する日だけで決まるものではありません。過去年分を整理するときも、その課税期間が対象に入るか、当時の売上高や届出、申告内容が要件を満たすかを確認します。

登録者全員が使えるわけではない

基準期間（個人は原則として前々年、法人は原則として前々事業年度）の課税売上高が1,000万円を超える場合など、インボイス登録と関係なく免税にならない課税期間は、2割特例の対象外です。特定期間の売上等、一定の高額な資産の取得、課税期間の短縮、2023年10月より前からの課税選択などによっても適用できない場合があります。

「今年の売上が1,000万円以下だから使える」「最初の年に使えたので毎年使える」とは限りません。各課税期間の条件を確認し、一般課税・簡易課税と比較してください。出典：国税庁「インボイスQ&A 問115・2割特例の適用ができない課税期間①」、国税庁「インボイスQ&A 問116・2割特例の適用ができない課税期間②」。

2027・2028年分には、個人向けの3割特例

2026年度税制改正により、インボイス登録を機に課税事業者となった小規模な個人事業者には、要件を満たす2027年分・2028年分の消費税について、納付税額を売上税額の3割とする特例が設けられました。法人には適用されません。2割のまま延長される制度でもありません。出典：国税庁「令和8年度税制改正特集」。

3割特例も、基準期間の課税売上高が1,000万円を超える課税期間などは対象外で、申告書への付記が必要です。適用除外や将来の取引に関する取扱いは、該当年分の申告時に確認してください。出典：国税庁「インボイスQ&A 問114－2・3割特例」、国税庁「インボイスQ&A 問115－2・3割特例の適用ができない課税期間」。

3. 登録情報と売上の把握は、分けて考える

国税庁の公表サイトでは、登録番号を使って氏名・名称、登録年月日、登録取消・失効年月日などを確認できます。個人の住所は原則として公表されず、主たる屋号や事務所所在地等は本人が公表を申し出た場合に掲載されます。売上額・利益・取引先一覧が公表される仕組みではありません。出典：国税庁「公表サイトではどのような情報が確認できますか」。

税務署は、申告書や収集した資料情報などを分析して調査対象を選定しています。登録情報や取引先の帳簿・請求書などが確認の手掛かりになることはありますが、登録だけで全取引を自動把握するとはいえません。登録しているのに申告がないことだけで、故意の脱税や重加算税の要件が成立するわけでもありません。出典：国税庁「令和6事務年度 所得税及び消費税調査等の状況」、e-Gov法令検索「国税通則法」68条。

下請け業者や一人親方も、登録日、元請けへの請求額、入金、必要経費、過去の申告書を照合することが出発点です。「まだ連絡がないから申告しなくてよい」という判断は避けましょう。

4. 無申告加算税・重加算税・延滞税の違い

無申告加算税は申告時期で変わる

申告書を提出していなかった場合は、原則として期限後申告を行います。消費税・地方消費税の加算税は、売上に含まれる税額ではなく、納付すべき消費税額と地方消費税額の合算額を基礎に計算します。出典：国税庁「消費税及び地方消費税の更正等及び加算税の取扱いについて」第2Ⅰ2。

令和6年1月1日以後に法定申告期限が来るものについて、加重措置や免除等がない場合の無申告加算税の基本割合は次のとおりです。

割合は税額の区分ごとに適用します。過去年分は、その法定申告期限に適用される制度を確認してください。また、反復・連年の無申告や帳簿の不提示等には、別の要件に基づく加重措置があります。正当な理由が認められる場合などには、課されないこともあります。出典：国税庁「確定申告を忘れたとき」、e-Gov法令検索「国税通則法」66条。

重加算税は、単なる申告忘れに一律で課されない

課税の基礎となる事実に隠蔽・仮装があるなどの要件を満たす場合は、対象部分の無申告加算税に代えて、原則40％の重加算税が課されます。一定の加重措置もあるため、40％があらゆる場合の上限という意味ではありません。通常の無申告加算税と同じ税額部分に単純に足すものでもありません。出典：e-Gov法令検索「国税通則法」68条。

以下は、前の税込売上550万円・2割特例による納付本税10万円の例とは別の仮定例です。1課税期間の納付すべき消費税・地方消費税の本税の合計を50万円とします。この50万円は、売上に含まれる税額ではありません。加重・免除等がない場合、事前通知前かつ決定予知前の自主申告なら無申告加算税は2万5,000円、決定予知後などなら7万5,000円です。無申告に係る重加算税40％の対象となる場合は20万円で、本税との合計は70万円です。いずれも延滞税や、所得税など他の税目は含めていません。「本税50万円なら必ず100万円以上になる」とはいえません。

延滞税は、延滞した暦年と納期限を確認する

2026年中の延滞税は、納期限までの期間と納期限の翌日から2か月を経過する日までが年2.8％、その翌日以後が年9.1％です。2022～2025年中は、同じ区分で年2.4％・8.7％でした。過去年分の税金でも、延滞した暦年に応じた割合で計算します。

原則として法定納期限の翌日から実際の納付日までが計算対象です。ただし、期限後申告の納期限は申告書を提出した日であり、法定納期限から2か月たっただけで申告前の期間が高い割合に切り替わるわけではありません。計算期間の特例や端数処理もあります。出典：国税庁「延滞税について」、国税庁「延滞税の割合」。

5. 申告していないことに気づいたら、確認する順番

1. 登録日・申告済みの税目と年分を確認する。登録通知、所得税・法人税・消費税の申告書控え、税務署からの照会や調査通知を集めます。
2. 取引資料を年分・課税期間ごとに整理する。請求書、通帳、入出金明細、経費の領収書を照合します。資料が不足する場合は再取得や他の記録からの確認を進め、金額を作らないようにします。
3. 消費税の課税期間と計算方法を確認する。基準期間の課税売上高、届出、2割特例等の適用条件を確認します。所得税などの申告漏れも別に確認します。
4. 期限後申告と納付を進める。税務署や税理士に事実関係を伝えて相談します。納付資金が足りない場合も放置せず、納付方法や猶予制度について税務署に相談してください。

税理士への依頼が必要かどうかは、未申告の年数や資料の状況、税務署からの連絡内容などによって変わります。相談する際は、何を申告していないか分からない段階でも、そのまま伝えて構いません。

6. 「時効を待つ」より、申告対象を確かめる

国税通則法上、更正・決定ができる期間は原則5年で、偽りその他不正の行為によって税を免れた場合などは7年となる規定があります。税目や事実関係による特例もあるため、「5年待てばすべて解決する」「インボイス登録前の分は確認しなくてよい」とは判断できません。出典：e-Gov法令検索「国税通則法」70・71条。

残っている資料を保管し、申告が必要な年分と税額を確認することが先です。インボイス登録後の無申告や、過去の資料整理に不安がある方は、ご相談ください。

この記事は税務に関する一般的な情報です。個別の申告義務・特例・加算税の適用は、税務署または税理士にご確認ください。

数年分の申告がまだの方、資料がそろっていない方は、無申告サポートのページで対応内容と流れをご確認ください。

執筆者紹介

岩本隆一税理士事務所
代表税理士・行政書士
岩本 隆一Ryuichi Iwamoto

準大手税理士法人で多くの実務を経験後、横浜市西区で独立。「経営者の孤独と本音に寄り添うパートナー」を信条に、代表自らが直接対応します。IT（クラウド会計・LINE）を活用して業務を進めます。土日祝・夜間の対応は事前予約制です。横浜F・マリノスを愛する生粋の横浜っ子です