ネットショップ運営者の落とし穴―無申告が把握される瞬間とは

内容確認日：2026年11月5日。本記事は、主に個人のネットショップ運営者の所得税について説明しています。消費税や住民税は、それぞれ別に申告・納税の要否を確認します。

「ネットショップの売上は少額だから、申告しなくても大丈夫」「ネット上の取引なら税務署には分からない」。こうした思い込みで申告を見送るのは避けたいところです。まずは売上と必要経費を整理し、自分に申告義務があるかを確認しましょう。

ネットショップの申告で最初に確認したいこと

1. 売上と所得を分けて考える

所得税の申告要否は、年間の所得金額と適用年分の所得控除・税額控除等から税額を計算して判断します。一定の給与所得者は、給与・退職所得以外の所得の合計が20万円を超えると、原則として確定申告が必要です。ただし、確定申告をすれば税金が還付される給与所得者など、申告義務がない場合もあり、20万円超だけで必ず納税・申告が必要とは決まりません（住民税の申告は別途判定）。

この20万円は売上ではなく、必要経費を差し引いた所得の基準です。また、誰にでも当てはまる免税枠ではありません。医療費控除などで所得税の確定申告をする場合は、20万円以下の副業所得も併せて申告します。詳しくは国税庁「確定申告」と国税庁「給与所得者で確定申告が必要な人」をご確認ください。

2. 入金額だけで売上を判断しない

ECサイトから振り込まれる金額は、販売手数料や送料などが差し引かれている場合があります。売上データ、返品・キャンセル、手数料明細、入金額を照合し、差額の理由が分かるようにしておきましょう。

3. 私的な支出と事業の経費を整理する

決済アプリやクレジットカードの明細だけでは、何のための支出か分からなくなることがあります。領収書、注文履歴、請求書などを残し、事業に必要な支出と私的な支出を区別します。

国税のデータ活用とKSK2をどう理解するか

調査対象の選定にはAIの活用が公表されています

国税庁は「令和6事務年度 所得税及び消費税調査等の状況」で、調査対象の選定にAIを活用したことを公表しています。資料情報を収集・分析し、調査につなげていることは確認できます。

ただし、この公表内容から、KSKが全ての口座や取引を常時監視し、自動的に無申告を確定しているとまではいえません。国税全体のAI・データ分析の活用と、個別システムにどの機能があるかは分けて考える必要があります。

KSK2への更改は2026年9月に実施

国税の基幹システムは、KSK（国税総合管理システム）から次世代のKSK2への更改が進められ、国税庁は2026年9月24日に国税システムを更改したと公表しています。現在の告知では、申告書等の様式変更、通知に印字するお問い合わせ番号、電子交付手続などの変更が説明されています。

一方、「全ての取引をリアルタイムで監視する」「マイナンバーであらゆる資産を自動把握する」といった能力は、ここで参照した公式資料では確認できません。仕組みを過大に説明せず、公表された変更と自分の申告に必要な手続を確認しましょう。出典：国税庁「国税システムの更改について」。

取引データ・決済記録・口座明細の整合性が大切

ネット販売には、販売サイトの取引履歴、決済サービスの明細、銀行口座の入出金など、複数の記録が残ります。税務調査では、本人の帳簿・資料だけでなく、取引先への確認などによって取引の内容が明らかになることがあります。記録を突き合わせて説明できる状態にしておくことが重要です。

「全ての口座の過去10年分を必ず調べる」と一律に決まっているわけではありません。また、税額を更正・決定できる期間と、調査に必要な資料の範囲や保存期間は別の問題です。所得税の更正・決定の期間は原則として法定申告期限から5年、偽りその他不正の行為がある場合は7年などの定めがありますが、特例もあるため、年数だけで申告不要と判断しないでください（国税通則法70条）。

公表事例から分かる、無申告が把握される経路

国税庁の令和6事務年度の公表資料には、給与のほかにゲーム機器やスマートフォンの転売収入があった人の無申告事例が掲載されています。各種資料から給与以外の収入が想定されたため調査が行われ、パソコン・スマートフォンのデータや取引先への反面調査などから収入が把握されたという事例です。

この事例では売上関係の書類の破棄が隠蔽行為とされ、重加算税が課されています。ただし、全ての無申告や資料紛失が同じ取扱いになるわけではありません。これは当事務所の相談事例ではなく、国税庁「令和6事務年度 所得税及び消費税調査等の状況」の「事例2」の要旨です。

無申告が続いた場合の税負担

無申告加算税は、申告の時期と納める国税の金額によって変わります。所得税では、令和6年1月1日以後に法定申告期限が来るもの、つまり令和5年分以降について、原則として次の割合が適用されます。

例えば令和4年分の所得税では、300万円超の区分はなく、事前通知後・決定の予知前は50万円まで10％、50万円超は15％、決定の予知後などは50万円まで15％、50万円超は20％が原則です。複数年分を申告する場合は、年分ごとに計算します。

上の表は基本割合です。過去の加算税の状況や連年の無申告、帳簿の不提示・記載不足などによる加重措置、一定の期限後申告で無申告加算税がかからない場合もあります。「調査で指摘される前なら必ず5％」とは限りません。詳しくは国税庁「確定申告を忘れたとき」をご確認ください。

売上を隠す、架空の経費を計上するなど、隠蔽・仮装の要件を満たす場合は、対象部分の無申告加算税に代えて、原則40％の重加算税が課されます。過去5年内の一定の加算税歴や連年無申告の要件に該当すると、10ポイント加重され50％になる場合があります。同じ部分に通常の無申告加算税と重加算税を単純に足す計算ではありません（国税通則法68条）。

延滞税は「何年分の税金か」だけでは決まりません

延滞税は、原則として法定納期限の翌日から実際に納付する日まで、本税に対してかかります。令和8年（2026年）中の割合は、納期限までの期間と納期限の翌日から2か月を経過する日までが年2.8％、その翌日以後が年9.1％です。

期限後申告の場合、この「納期限」は申告書を提出した日です。法定納期限から2か月が過ぎたというだけで、申告前の期間に高い方の割合を適用するわけではありません。期限後申告で納める本税は、申告書の提出日に納めます。

割合は延滞した暦年ごとに確認します。令和4～7年（2022～2025年）中は年2.4％／8.7％、令和8年中は年2.8％／9.1％です。過去年分の税金でも、全期間に2026年の割合を当てはめる計算にはなりません。計算期間の特例や端数処理もあるため、実際の金額は国税庁「延滞税について」と国税庁「延滞税の割合」で確認します。

計算例：所得税の本税が100万円の場合

1年分の所得税について、無申告加算税の計算対象となる納付税額が100万円と仮定します。加重・免除・重加算税は適用されない前提です。

• 調査の事前通知前、かつ調査による決定を予知する前の自主的な期限後申告：100万円×5％＝5万円。本税との合計は105万円。
• 調査による決定を予知した後の期限後申告など：50万円×15％＋50万円×20％＝17万5,000円。本税との合計は117万5,000円。

いずれも延滞税は別途計算します。住民税や消費税も含めた総額ではありません。「本税100万円なら必ず150万円以上」「必ず2倍になる」といった一律の試算はできません。

ネット通販は調査対象になるが、個人の調査確率は断定できない

国税庁は、ネット通販・ネットオークションなどを含むインターネット取引について、資料情報の収集・分析と積極的な調査を行っていると公表しています。ただし、売上の伸び率やSNS投稿だけから、個々の人が調査対象になる確率を判断することはできません。

税理士への依頼は、記帳や申告の確認、資料整理、調査時の対応に役立ちます。一方、税理士が関与しているというだけで調査対象から外れる、という保証はありません。

今から進めたい無申告への対応

1. 申告が必要な年分を確認する。所得税、消費税、住民税を分け、過去の申告書や税務署からの連絡も確認します。
2. 販売・経費・入金資料を集める。販売サイトから取引データを保存し、返品や手数料も含めて帳簿と照合します。資料が欠けていても、数字を作らず、再取得できる記録を探します。
3. 期限後申告と納付を進める。税額や対象年分が分からないときは、税務署や税理士に相談します。調査の事前通知の有無を伝え、適用される加算税を確認します。
4. 今後の記帳を続ける。事業用の口座・決済手段を分け、定期的に帳簿と明細を照合します。会計ソフトを使う場合も、取り込み漏れや二重計上の確認は必要です。

まとめ

ネットショップの取引も、他の事業と同じく、必要な申告と記録の保存が大切です。国税の調査能力を過大に恐れるより、自分の取引と申告状況を整理することから始めましょう。申告漏れに気づいたら、そのまま放置せず、早めに対応してください。

過去の申告や資料の整理に不安がある方は、ご相談ください。ご依頼に関する初回相談・お見積もりは無料です。具体的な調査・検討が必要なご相談は、内容を伺ってご案内します。

主な出典

• 国税庁「確定申告」
• 国税庁「給与所得者で確定申告が必要な人」
• 国税庁「国税システムの更改について」
• 国税庁「第29回国税審議会議事録」
• 国税庁「令和6事務年度 所得税及び消費税調査等の状況」
• 国税庁「確定申告を忘れたとき」
• 国税庁「延滞税について」
• 国税庁「延滞税の割合」
• e-Gov法令検索「国税通則法」

数年分の申告がまだの方、資料がそろっていない方は、無申告サポートのページで対応内容と流れをご確認ください。

執筆者紹介

岩本隆一税理士事務所
代表税理士・行政書士
岩本 隆一Ryuichi Iwamoto

準大手税理士法人で多くの実務を経験後、横浜市西区で独立。「経営者の孤独と本音に寄り添うパートナー」を信条に、代表自らが直接対応します。IT（クラウド会計・LINE）を活用して業務を進めます。土日祝・夜間の対応は事前予約制です。横浜F・マリノスを愛する生粋の横浜っ子です