還付申告は期限を過ぎても加算税なし？5年の期限と例外を税理士が解説

今日は「還付申告が遅れた場合の無申告加算税」について解説します。

「還付申告を忘れていた。無申告加算税がかかるのでは」と不安な方もいると思います。結論からいうと、正しく計算して還付になる申告は、提出が遅れたこと自体で無申告加算税はかかりません。ただし、5年の期限や、期限内申告を要件とする特例には注意が必要です。

無申告加算税の税率・軽減・加重の全体像は「無申告加算税の完全ガイド」で解説しています。

納税が出る年分を1か月以内に申告する場合は「期限後申告の加算税と1か月以内の不適用要件」をご覧ください。

なぜ還付申告では無申告加算税がかからないのか

まず、無申告加算税の仕組みを理解しましょう。

無申告加算税は、申告義務があるのに期限内に申告しなかった場合などに、納付すべき税額を基に計算する加算税です。正しく計算した結果が還付で、納付すべき税額がなければ、その還付申告の提出が遅れたこと自体に無申告加算税はかかりません。

「還付のつもり」かどうかではなく、所得・控除・源泉徴収税額等を正しく計算した結果で判断します。申告後に還付額の過大計上や所得の漏れが分かった場合は、修正申告や別途の加算税等の検討が必要です。

還付申告の期限について知っておこう

確定申告義務のない方が、納め過ぎた所得税の還付を受ける申告には、通常の確定申告期間とは別の提出期間があります。

還付申告は、対象年の翌年1月1日から5年間提出できます。例えば、2024年分なら2025年1月1日から2029年12月31日までです。2025年分なら2026年1月1日から2030年12月31日までとなります。国税庁「還付申告」

ただし、青色申告特別控除55万円・65万円など、期限内申告を要件とする特例は別です。還付になる場合でも、その年分の法定申告期限までに提出する必要があります。「還付なら5年以内で何も変わらない」という意味ではありません。国税庁「青色申告特別控除」

すでに申告した年分の控除漏れを直す場合は、新たな還付申告ではなく更正の請求などの手続きを確認します。還付申告を済ませた後に、還付額を少なく申告していたことが分かった場合の更正の請求は、原則として還付申告書を提出した日から5年以内です。還付申告後の訂正手続き

ただし、注意すべきケースもある

ここで重要なのが、還付申告のつもりが実は違ったというケースです。

1. 実は納税額が発生していた場合

医療費控除などで還付を受けるつもりでも、所得や源泉徴収税額等を計算すると追加納税になることがあります。もともと確定申告義務があった場合には、法定申告期限を過ぎた申告が無申告加算税等の対象になり得ます。納付額が出たという理由だけで、もともとの申告義務まで決まるわけではありません。

2. 副業の所得が20万円以下の場合

例えば、給与収入が2,000万円以下で1か所から受ける給与がすべて源泉徴収の対象となって年末調整され、給与・退職所得以外の所得の合計が20万円以下であるなど、一定の給与所得者には所得税の確定申告が不要となる制度があります。ただし、医療費控除等のために還付申告をするなら、その20万円以下の副業所得も含めて計算します。20万円は通常、売上ではなく必要経費を差し引いた所得の金額です。国税庁「給与所得者で確定申告が必要な人」、副収入と還付申告の注意点

副業所得を含めても還付になるなら、提出の遅れだけで無申告加算税はかかりません。納付額が生じ、もともと申告義務があった場合は期限後申告として確認が必要です。所得税の20万円以下の申告不要制度が、そのまま住民税にも当てはまるわけではありません。

実際の無申告加算税の計算方法

確定申告義務があり、期限後申告で納付すべき税額が生じる場合の基本税率は、申告に至った経緯で変わります。

次は、2024年1月1日以後に法定申告期限が到来するもの（所得税は2023年分以降）の基本税率です。各税率を、それぞれの税額部分に適用します。

• 調査通知前かつ更正・決定の予知前の自主申告：原則として一律5％
• 調査通知後でも更正・決定の予知前の申告：50万円以下の部分10％、50万円超300万円以下の部分15％、300万円超の部分25％
• 調査による更正・決定を予知した申告、または税務署の決定等：50万円以下の部分15％、50万円超300万円以下の部分20％、300万円超の部分30％

2023年12月31日までに法定申告期限が到来したものには、300万円超の30％・25％の区分はありません。また、反復無申告や帳簿の不提示等による加重、正当な理由や一定の1か月以内申告による不適用は、上記の基本税率とは別に判断します。

仮の計算例として、申告義務があった年分の所得税等について、無申告加算税の計算の基礎となる納付税額が30万円だった場合を比べます。反復加重・帳簿加重、重加算税、不適用などはないものとします。

• 調査通知前・決定予知前：30万円×5％＝1万5,000円
• 調査通知後・決定予知前：30万円×10％＝3万円
• 調査による決定予知後：30万円×15％＝4万5,000円

調査の通知を受けたかと、調査による決定を予知していたかは別の判断です。「税務署から何か言われた」「実地調査の前だった」という事情だけでは税率を決められません。国税庁「確定申告を忘れたとき」

還付申告を忘れていた場合の対処法

まず、その年の所得を整理して、本当に還付になるかと、使いたい控除の期限・必要書類を確認しましょう。

1. 資料をそろえる：対象年の源泉徴収票、副業の収入・経費の記録、医療費や寄附金の資料などを確認します。
2. 申告書を作成する：国税庁の「確定申告書等作成コーナー」等を利用し、対象年の所得と控除を入力します。医療費控除は原則として明細書を添付し、領収書は原則として確定申告期限等から5年間保存します。医療費控除の手続き
3. 申告書を提出する：e-Tax、郵送、税務署窓口など、利用する方法に応じて本人確認書類や添付書類を確認します。提出先は原則として提出時の納税地を所轄する税務署です。還付申告の提出書類・提出先

延滞税についても知っておこう

正しく計算して還付となり、納付すべき税額がない申告であれば、提出が遅れたこと自体に延滞税もかかりません。延滞税は、税金が法定納期限までに納付されない場合などに生じるものです。国税庁「延滞税について」

一方、計算し直すと納付が必要だった場合や、過大な還付を受けた場合などは扱いが異なります。所得税の還付とは別に、住民税や消費税の申告・納付が必要なこともあるため、税目ごとに確認してください。

まとめ：還付申告は焦らず確実に

還付申告については、以下のポイントを覚えておいてください：

• 正しく還付となる申告は、提出が遅れたこと自体で無申告加算税・延滞税はかからない
• 確定申告義務のない方の還付申告は、原則として翌年1月1日から5年間
• 青色申告特別控除55万円・65万円などには期限内申告の要件がある
• 副業所得も含めて計算し、納付が必要で申告義務があった場合は別途確認する

還付申告を忘れていても、必要以上に慌てず、提出できる期間と控除の要件を確認して正確に申告しましょう。期限が近い年分は早めの準備が必要です。

もし計算が複雑で不安な場合は、税理士に相談することをお勧めします。特に、医療費控除や住宅ローン控除など、金額が大きくなる可能性がある場合は、専門家のアドバイスを受けた方が安心です。

当事務所では、申告や税務調査に関するご相談を承ります。相談の条件・予約方法は記事下の案内をご確認ください。

本文の制度確認日：2026年11月5日。一般的な制度を説明しています。適用は年分・税目・申告の経緯・個別の事情によって異なります。

数年分の申告がまだの方、資料がそろっていない方は、無申告サポートのページで対応内容と流れをご確認ください。

執筆者紹介

岩本隆一税理士事務所
代表税理士・行政書士
岩本 隆一Ryuichi Iwamoto

準大手税理士法人で多くの実務を経験後、横浜市西区で独立。「経営者の孤独と本音に寄り添うパートナー」を信条に、代表自らが直接対応します。IT（クラウド会計・LINE）を活用して業務を進めます。土日祝・夜間の対応は事前予約制です。横浜F・マリノスを愛する生粋の横浜っ子です