税務調査の流れとは？事前準備から調査終了まで徹底ガイド税務調査の流れ・手続き完全図解
iwamoto
岩本隆一税理士事務所｜横浜駅前｜新規受付中
税務調査で修正申告したときの個人住民税や個人事業税、国民健康保険への影響
iwamoto
Profile
岩本隆一税理士事務所代表
税理士業界歴19年。税務調査回数106回。無申告案件346件の経験を持つ税理士です。（2025/04/30現在）
【相談事例】
建設業A社は5年間無申告状態で税務調査が入りました。
①初回面談で詳細なヒアリング
②2回目の面談で税務調査対応の練習
③税務調査当日の適切な対応
④調査後に経費計上の交渉を行う
結果として当初想定指定した追徴税額5,000万円から1,200万円へと3,800万円の減額に成功したことがある。
【セミナー実績】
あなたの帳簿、AIに丸見えです！デジタル時代の税務調査リスクと防衛術（株式会社ジャイアントキリング主催）
電子帳簿保存法説明会（公益社団法人横浜中法人会研修委員会主催）
「岩本先生にお願いして本当によかった」と言われることが何よりの喜びです。
プロフィールを読む税理士業界歴19年。税務調査回数106回。無申告案件346件の経験を持つ税理士です。（2025/04/30現在）
【相談事例】
建設業A社は5年間無申告状態で税務調査が入りました。
①初回面談で詳細なヒアリング
②2回目の面談で税務調査対応の練習
③税務調査当日の適切な対応
④調査後に経費計上の交渉を行う
結果として当初想定指定した追徴税額5,000万円から1,200万円へと3,800万円の減額に成功したことがある。
【セミナー実績】
あなたの帳簿、AIに丸見えです！デジタル時代の税務調査リスクと防衛術（株式会社ジャイアントキリング主催）
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「岩本先生にお願いして本当によかった」と言われることが何よりの喜びです。
税務調査で修正申告したときの個人住民税や個人事業税、国民健康保険への影響
税理士の岩本隆一です。税務調査のご依頼募集中です。
税務調査って、めちゃくちゃドキドキしますよね。僕もクライアントさんと一緒に立ち会うとき、毎回緊張します（慣れてるはずなのに）。
で、税務調査が終わって修正申告することになったとき、多くの人が見落としがちなのが「所得税だけじゃ済まない」ということ。実は個人住民税や個人事業税、さらには国民健康保険料まで連鎖的に影響を受けるんです。
今日はその辺りを、できるだけわかりやすく解説してみます。
Contents
修正申告の基本的な流れ
まず前提として、税務調査で所得の増加が指摘されて修正申告をするケースを考えてみましょう。
例えば、年間所得が300万円で申告していたのに、実際は売上の計上漏れがあって400万円だったとします。この100万円の差額が、各種税金や保険料にどう影響するかが今回のテーマです。
個人住民税への影響
住民税の仕組み
個人住民税は前年の所得をベースに計算されます。修正申告をすると、当然この「前年の所得」が変わるので、住民税も追加で課税されることになります。
具体的な影響
- 所得割：所得の増加分に対して約10%（市町村民税6%＋都道府県民税4%）
- 均等割：これは定額なので変化なし
さっきの例で言うと、100万円の所得増加があった場合、単純計算で年間10万円程度の住民税が追加でかかる可能性があります。
注意点
修正申告をしても、住民税は自動的に修正されません。税務署から市町村に情報が回って、後日「住民税の更正通知書」が届きます。このタイムラグがけっこう厄介で、忘れた頃に請求が来るパターンが多いです。
個人事業税への影響
個人事業税の基本
個人事業税は事業所得が290万円を超える場合にかかる税金です。業種によって税率が違うのが特徴的ですね。
- 第1種事業（物品販売業など）：5%
- 第2種事業（畜産業、水産業など）：4%
- 第3種事業（医業、弁護士業など）：5%または3%
修正申告による影響
事業所得が増加すると、当然個人事業税も増加します。ただし、290万円の基礎控除があるので、もともと事業所得が290万円以下だった人が修正申告で290万円を超えた場合は、新たに個人事業税が発生することになります。
これ、けっこう見落としがちなんですよね。
国民健康保険料への影響
国民健康保険の仕組み
国民健康保険料は前年の所得をベースに計算されます。しかも、所得税や住民税と違って、保険料の計算方法が市町村によってバラバラなんです。
一般的には以下の要素で構成されています：
- 所得割：前年の所得に応じて計算
- 均等割：加入者数に応じて計算
- 平等割：世帯ごとに定額
- 資産割：固定資産税額に応じて計算（導入していない自治体もあり）
修正申告による具体的な影響
所得が増加すると、所得割部分が増加します。これが思っている以上に大きな金額になることがあります。
例えば、年間所得が100万円増加した場合：
- 所得割の料率が10%だとすると、年額10万円の保険料増加
- しかも、医療分・後期高齢者支援分・介護分（40歳以上）それぞれに所得割があるので、実際はもっと高くなる可能性があります
注意すべきポイント
国民健康保険料も住民税と同様、修正申告後に自動的に再計算されて後日請求が来ます。しかも、過去3年分まで遡って請求される場合があるので、けっこうな金額になることも。
実際の対応策と注意点
資金繰りの準備
修正申告をするときは、所得税の追加納付だけでなく、これらの連鎖的な影響も考慮して資金準備をしておく必要があります。
目安として、所得増加額の25〜30%程度は追加で必要になると考えておいた方が安全です。
各機関への確認
修正申告後は、以下の機関に確認を取ることをおすすめします：
- 市町村：住民税と国民健康保険料の再計算状況
- 都道府県：個人事業税の再計算状況
分納の相談
一度に大きな金額を支払うのが困難な場合は、各機関に分納の相談をすることも可能です。ただし、延滞税や延滞金が発生する可能性があるので、早めの相談が重要です。
まとめ
税務調査による修正申告の影響は、所得税だけにとどまらず、個人住民税、個人事業税、国民健康保険料まで広範囲に及びます。
特に注意したいのは：
- 時差攻撃：修正申告から数ヶ月後に各種請求が来る
- 想定以上の金額：所得増加額の25〜30%程度の追加負担
- 複数年分の影響：過去の修正申告は複数年分に影響する場合がある
税務調査は確かに大変ですが、事前に影響範囲を把握しておけば、適切な対応ができます。不安な方は、ぜひ専門家にご相談ください。
税務調査でお困りの方、修正申告の影響について詳しく知りたい方は、お気軽にお問い合わせください。適切なサポートをさせていただきます。
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岩本隆一税理士事務所代表
税理士業界歴19年。税務調査回数106回。無申告案件346件の経験を持つ税理士です。（2025/04/30現在）
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①初回面談で詳細なヒアリング
②2回目の面談で税務調査対応の練習
③税務調査当日の適切な対応
④調査後に経費計上の交渉を行う
結果として当初想定指定した追徴税額5,000万円から1,200万円へと3,800万円の減額に成功したことがある。
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税理士業界歴19年。税務調査回数106回。無申告案件346件の経験を持つ税理士です。（2025/04/30現在）
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建設業A社は5年間無申告状態で税務調査が入りました。
①初回面談で詳細なヒアリング
②2回目の面談で税務調査対応の練習
③税務調査当日の適切な対応
④調査後に経費計上の交渉を行う
結果として当初想定指定した追徴税額5,000万円から1,200万円へと3,800万円の減額に成功したことがある。
【セミナー実績】
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