フリーランスが実際に受けた税務調査の全記録｜準備から終了まで徹底解説
iwamoto
岩本隆一税理士事務所｜横浜駅前｜新規受付中
マイクロ法人の税務調査事例から学ぶ！指摘されやすいポイントと対策法
iwamoto
Profile
岩本隆一税理士事務所代表
税理士業界歴19年。税務調査回数106回。無申告案件346件の経験を持つ税理士です。（2025/04/30現在）
【相談事例】
建設業A社は5年間無申告状態で税務調査が入りました。
①初回面談で詳細なヒアリング
②2回目の面談で税務調査対応の練習
③税務調査当日の適切な対応
④調査後に経費計上の交渉を行う
結果として当初想定指定した追徴税額5,000万円から1,200万円へと3,800万円の減額に成功したことがある。
【セミナー実績】
あなたの帳簿、AIに丸見えです！デジタル時代の税務調査リスクと防衛術（株式会社ジャイアントキリング主催）
電子帳簿保存法説明会（公益社団法人横浜中法人会研修委員会主催）
「岩本先生にお願いして本当によかった」と言われることが何よりの喜びです。
プロフィールを読む税理士業界歴19年。税務調査回数106回。無申告案件346件の経験を持つ税理士です。（2025/04/30現在）
【相談事例】
建設業A社は5年間無申告状態で税務調査が入りました。
①初回面談で詳細なヒアリング
②2回目の面談で税務調査対応の練習
③税務調査当日の適切な対応
④調査後に経費計上の交渉を行う
結果として当初想定指定した追徴税額5,000万円から1,200万円へと3,800万円の減額に成功したことがある。
【セミナー実績】
あなたの帳簿、AIに丸見えです！デジタル時代の税務調査リスクと防衛術（株式会社ジャイアントキリング主催）
電子帳簿保存法説明会（公益社団法人横浜中法人会研修委員会主催）
「岩本先生にお願いして本当によかった」と言われることが何よりの喜びです。
税理士の岩本隆一です。税務調査のご依頼募集中です。
こんにちは！最近、マイクロ法人を設立する個人事業主の方がめちゃくちゃ増えてますよね。節税効果もあるし、社会的信用も上がるしで、確かにメリットは多いんですが…
実は、マイクロ法人って税務調査のターゲットになりやすいって知ってました？
「え、そんな小さい会社が調査されるの？」って思うかもしれませんが、これが意外とあるんです。しかも、個人事業主から法人成りしたばかりの方は、税務の知識が不十分で指摘を受けやすいという現実もあります。
今日は、実際にあったマイクロ法人の税務調査事例を紹介しながら、どんなポイントで指摘されやすいのか、そしてどう対策すればいいのかを解説していきます。
Contents
マイクロ法人とは
まず、マイクロ法人について簡単に説明しておきますね。
マイクロ法人とは、従業員数が極めて少ない（多くの場合、社長1人だけ）小規模な株式会社や合同会社のことです。正式な法的定義はありませんが、一般的に以下のような特徴を持つ法人を指します：
- 従業員：社長1人（または家族数名程度）
- 売上規模：年間数百万円〜2,000万円程度
- 事業内容：個人でもできるような業務（コンサル、デザイン、プログラミングなど）
個人事業主が節税や社会的信用向上を目的として設立するケースが多く、近年急激に増加している形態です。フリーランスのWebデザイナーや個人コンサルタント、YouTuberなどが法人化する際によく選ばれています。
なぜマイクロ法人は税務調査の対象になるのか？
まず、なぜマイクロ法人が税務署にマークされやすいのかを理解しておきましょう。
税務署は、急激に所得が変動した個人や法人を重点的にチェックします。個人事業主からマイクロ法人に移行すると、個人の所得は大幅に減少し、法人の所得が新たに発生します。この変化が税務署のレーダーに引っかかるんです。
また、マイクロ法人は以下の特徴があるため、調査対象として選ばれやすくなります：
- 役員報酬の設定が適切かどうか疑問視される
- 経費計上の根拠が曖昧になりがち
- 個人と法人の区分が不明確になりやすい
実際にあった税務調査事例
事例1：役員報酬を不自然に低く設定していたケース
業種： Webデザイナー（従業員なし）
売上： 年間1,200万円
指摘内容： 役員報酬月額8万円は低すぎる、利益操作の疑い
このマイクロ法人では、社会保険料を抑制するために代表者の役員報酬を月額8万円に設定し、残りの利益を内部留保していました。しかし、税務調査官は「実際の労働実態と役員報酬が釣り合わない」と指摘。同業他社と比較して著しく低い報酬設定は不自然であり、適正な報酬額との差額について役員給与の追加認定を検討されました。(実際は課税されることはありませんでした。)
学べるポイント：
役員報酬は低すぎても高すぎても問題視されます。労働実態に見合った適正な金額設定が重要です。
事例2：個人的な支出を経費計上していたケース
業種： コンサルタント
売上： 年間600万円
指摘内容： 家族旅行費用を会議費として計上
この事例では、家族での沖縄旅行の費用を「取引先との会議費」として経費計上していました。しかし、税務調査で領収書やスケジュールを確認したところ、実際には家族旅行であることが判明。全額が個人的な支出として認定され、重加算税まで課せられました。
学べるポイント：
経費の根拠資料は必ず保管し、プライベートな支出との区分を明確にする必要があります。
事例3：外注費と給与の区分を間違えたケース
業種： 動画制作
売上： 年間1,200万円
指摘内容： 継続的な作業委託を外注費として処理
このマイクロ法人では、継続的に動画編集を依頼している個人を「外注」として処理していました。しかし、税務調査で作業実態を確認したところ、指揮命令関係があり、実質的に雇用関係にあると判断され、外注費が給与として認定されました。源泉徴収漏れによる追徴課税と、社会保険の遡及加入も必要となりました。
学べるポイント：
外注と給与の区分は慎重に判断し、契約書の内容と実態を一致させることが重要です。
指摘されやすいポイント TOP5
税務調査事例から見えてきた、マイクロ法人が指摘されやすいポイントをランキング形式でまとめました：
1位：役員報酬の妥当性
利益に比べてから高額な役員報酬を設定していると、必ずと言っていいほど質問されます。
2位：個人的な支出の経費計上
家族との食事代、プライベート旅行、個人的な買い物などを経費にしているケースが非常に多いです。
3位：外注費と給与の区分
継続的な作業委託や、指揮命令関係がある作業を外注費として処理している場合。
4位：売上計上時期の操作
期末近くの売上を翌期に繰り延べたり、架空の経費を計上したりするケース。
5位：交際費の範囲
一人での食事代や、明らかに個人的な支出を交際費として計上しているケース。
効果的な対策法
対策1：適切な役員報酬の設定
役員報酬は以下の基準で設定しましょう：
- 同業他社の水準を参考にする
- 会社の利益水準に見合った金額にする
- 設定根拠を議事録に残す
対策2：個人と法人の区分を明確にする
- 個人用と法人用のクレジットカードを分ける
- プライベートな支出は絶対に経費にしない
- 疑わしい支出は事前に税理士に相談する
対策3：適切な証憑管理
- 領収書には必ず内容と参加者を記載
- 会議費は議事録を作成
- 外注の場合は契約書を整備
対策4：定期的な税務チェック
- 月次で税理士と打ち合わせ
- 四半期ごとに経費内容を見直し
- 年1回は税務リスクを総点検
まとめ：マイクロ法人の税務調査対策は事前準備が9割
マイクロ法人の税務調査事例を見てきましたが、指摘される内容は実はそれほど複雑ではありません。基本的なルールを守り、適切な証憑管理をしていれば、大きな問題になることはほとんどありません。
重要なのは「バレなければ大丈夫」という考えを捨てることです。税務署は思っているよりも情報を把握していますし、デジタル化が進んで調査の精度も上がっています。
マイクロ法人を設立したら、まずは信頼できる税理士を見つけて、定期的に相談できる体制を整えることをおすすめします。節税は大切ですが、適法な範囲で行うことが何よりも重要です。
税務調査が来てから慌てるのではなく、普段から適切な税務処理を心がけて、安心してビジネスに集中できる環境を作っていきましょう！
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岩本隆一税理士事務所代表
税理士業界歴19年。税務調査回数106回。無申告案件346件の経験を持つ税理士です。（2025/04/30現在）
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建設業A社は5年間無申告状態で税務調査が入りました。
①初回面談で詳細なヒアリング
②2回目の面談で税務調査対応の練習
③税務調査当日の適切な対応
④調査後に経費計上の交渉を行う
結果として当初想定指定した追徴税額5,000万円から1,200万円へと3,800万円の減額に成功したことがある。
【セミナー実績】
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電子帳簿保存法説明会（公益社団法人横浜中法人会研修委員会主催）
「岩本先生にお願いして本当によかった」と言われることが何よりの喜びです。
税理士業界歴19年。税務調査回数106回。無申告案件346件の経験を持つ税理士です。（2025/04/30現在）
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建設業A社は5年間無申告状態で税務調査が入りました。
①初回面談で詳細なヒアリング
②2回目の面談で税務調査対応の練習
③税務調査当日の適切な対応
④調査後に経費計上の交渉を行う
結果として当初想定指定した追徴税額5,000万円から1,200万円へと3,800万円の減額に成功したことがある。
【セミナー実績】
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