2025.06.09

法人税の税務調査が法人住民税・法人事業税に与える影響

iwamoto

税理士の岩本隆一です。税務調査のご依頼募集中です。

どうも、皆さん。今日は法人経営者の方なら一度は心配になったことがあるであろう「税務調査」について、特に法人税の調査が他の税金にどんな影響を与えるのかという話をしていきたいと思います。

これ、意外と知らない人が多いんですよね。法人税の税務調査で何か指摘されても「まあ、法人税だけの話でしょ？」って思ってる社長さんがけっこういるんですが、実はそうじゃないんです。

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税務調査で修正があると連鎖反応が起きる

まず基本的なことから説明すると、法人税、法人住民税、法人事業税って、実は密接に関係してるんです。特に法人住民税と法人事業税は、法人税の計算結果をベースにして計算されるので、法人税が変わると自動的にこれらも変わってしまうんですね。

具体的に言うと、法人税の税務調査で「この経費は認められません」とか「この収入が漏れてますよ」って指摘されて法人税額が増えると、それに連動して法人住民税と法人事業税も増額されちゃうんです。

これ、めちゃくちゃ重要なポイントなので覚えておいてください。

法人住民税って、実は2つの部分から成り立ってるんです。均等割と法人税割。均等割は資本金とか従業員数で決まるので、税務調査では基本的に変わりません。

でも法人税割は違います。これは法人税額に一定の税率をかけて計算するので、法人税が増えるとそのまま法人住民税も増えちゃうんです。しかも都道府県分と市町村分の両方が増えるので、けっこうな金額になることがあります。

例えば、税務調査で法人税が100万円増額になったとしたら、法人住民税も大体10万円くらい増えることになります。「え、そんなにかかるの？」って思った方、そうなんです。意外と侮れないんですよ。

法人事業税はさらに複雑です。これは所得割、付加価値割、資本割の3つから成り立ってるんですが（資本金1億円超の会社の場合）、このうち所得割が法人税の計算結果に影響されます。

面白いのは、法人事業税には「損金算入」という特徴があることです。つまり、法人事業税を支払った分は、翌年度の法人税計算で経費として差し引けるんです。

でも税務調査で法人税が増額されると、それに伴って法人事業税も増額されます。そうすると翌年度以降の法人税計算にも影響が出てくるんですね。この辺りの計算はけっこう複雑なんでご注意ください。

もし法人税の税務調査で修正があった場合、法人住民税と法人事業税についても速やかに修正申告を行う必要があります。これを怠ると、今度は地方税の方で別途調査を受ける可能性もあります。

実務的には、国税の修正申告書を作成したら、同時に地方税の修正申告書も作成して提出するのが一般的です。ただし、地方税の申告書は都道府県と市町村それぞれに提出する必要があるので、書類の作成や提出先の管理が意外と大変だったりします。

結論として、法人税の税務調査というのは決して法人税だけの問題じゃないんです。法人住民税や法人事業税への影響も含めて、トータルでどのくらいの負担になるのかを考える必要があります。

特に中小企業の場合、追加で納める税額が思ったより大きくなってキャッシュフローに影響することもあります。だからこそ、普段から適正な申告を心がけることが大切ですし、もし税務調査が入った時には、全体的な影響を把握してから対応策を考えることが重要です。

税務調査って怖いイメージがありますが、きちんと準備して対応すれば必要以上に恐れることはありません。分からないことがあったら、遠慮なく税理士に相談してくださいね。