電子帳簿保存法×無申告｜保存不備の影響と今からの対応

制度・税率の確認日：2026年11月5日

こんにちは、税理士の岩本隆一です。電子メールで受け取った請求書や、ウェブサイトで発行された領収書を、印刷した紙だけで保管していませんか。電子取引データの保存方法に不安がある方に向けて、保存不備と無申告の違い、税務上の影響、今から確認したいことを整理します。

結論：電子保存の不備だけで、提出済みの申告が無申告になるわけではありません

電子帳簿保存法の保存要件を満たしていないことと、申告書を提出していないことは別の問題です。保存不備があるだけで、提出済みの申告が自動的に「無申告」や「過少申告」と扱われるわけではありません。

ただし、資料が不足すると売上・経費の集計や取引内容の説明が難しくなります。データの保存状況、申告の有無、申告内容の正確さを分けて確認することが大切です。申告義務があるのに申告していなければ期限後申告を、提出済みの申告で税額が不足していれば修正申告などの対応を検討します。

出典：国税庁「電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】（令和8年7月）問98」、「確定申告を忘れたとき」、「確定申告を間違えたとき」

電子取引データは何を保存するのか

所得税・法人税の帳簿書類の保存義務がある事業者が、請求書や領収書などに通常記載される取引情報を電子的にやり取りした場合、その取引情報をデータで保存する必要があります。受け取ったデータだけでなく、自社が電子的に交付した請求書なども対象になります。

• メール本文や添付ファイルで受け取った請求書・領収書
• ECサイトやクラウドサービスで交付された請求書・領収書
• インターネットバンキングの振込情報や、電子的に受領したクレジットカード利用明細など

保存方法はPDFのダウンロードだけに限られません。必要な取引情報が欠けないスクリーンショット等を保存する方法や、要件を満たすクラウド上の保存も認められます。いずれも、適用される改ざん防止・検索等の保存要件を満たす必要があります。オンライン明細を利用する場合は、必要な保存期間中に随時確認できるか、表示期間が過ぎても取り出せるかを確認してください。

出典：国税庁「電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】問1・2・4・5・10・11」

2023年末までの宥恕措置と、2024年以後の猶予措置は異なります

• 2022年1月1日～2023年12月31日に行った電子取引：やむを得ない事情があり、出力書面の提示・提出に対応できるなどの条件で、紙による保存も認める宥恕措置がありました。
• 2024年1月1日以後に行った電子取引：電子データ自体の保存が必要です。保存要件どおりに対応できないことについて税務署長が相当の理由を認め、電子データとその出力書面の提示・提出の求めにそれぞれ応じられる場合には、猶予措置を利用できます。

現在の猶予措置は、2025年に一律終了した制度ではありません。事前申請は不要ですが、無条件の免除でもありません。要件どおりに保存できない事情が解消した後の取引には、原則の保存要件への対応が必要です。猶予措置を利用する場合も、データを削除して紙だけを残す方法は認められません。

出典：国税庁「電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】問89・90・93・94」

保存に不備がある場合の影響は、個別に判断されます

青色申告の承認は直ちに取り消されるわけではありません

保存義務違反は青色申告の承認取消しの対象となり得ます。ただし、保存要件に違反したというだけで、必ず取消しになるものではありません。国税庁は、違反の程度などを総合的に検討して判断すると説明しています。

取引が正しく記帳され、申告にも反映されていて、紙などの別の資料から取引内容を確認できる場合には、特段の事情もなく直ちに承認が取り消されたり、支出自体がなかったと判断されたりするわけではありません。取消しが行われる場合の税務上の影響は、個人・法人の別や対象年分・事業年度によって確認が必要です。

出典：国税庁「電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】問98」

経費の確認や推計課税も、保存不備だけで一律に決まるものではありません

データが不足している場合、税務調査では追加資料や取引内容の説明を求められることがあります。経費として認められるかは取引の実態や資料に基づいて判断されるため、「電子保存ができていないから全ての経費が否認される」とは言えません。

帳簿などから所得を把握できない場合には、一定の要件の下で、収支や事業規模などを基に所得を推計することがあります。一方、所得税の青色申告書に係る事業所得等や、法人の青色申告書に係る更正には、推計課税に関する制限があります。税務署が自由に高い税額を決められる制度ではありません。

出典：国税庁「電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】問98」、所得税法155条・156条、法人税法131条

会社法上の義務・過料は税法とは別に確認します

会社法には会計帳簿の作成・保存などの義務と、同法に定める違反についての過料の規定があります。電子帳簿保存法の保存不備があっただけで、会社法上の過料が一律に科されるわけではありません。会社法上のどの義務に違反するのか、誰が対象となるのかを別に確認する必要があります。過料は、刑事罰の「罰金」とは異なります。

出典：会社法432条・976条（e-Gov法令検索）

実際に無申告・申告漏れがある場合の加算税と延滞税

加算税の割合を掛けるのは、原則として加算税の計算の基礎となる税額です。売上や申告漏れ所得の金額に、そのまま加算税率を掛けるものではありません。また、本税、加算税、延滞税は区別して確認します。

無申告加算税は申告の時期・税額・過去の状況で変わります

所得税では、2024年1月1日以後に法定申告期限が到来するもの（2023年分以後）について、税務調査による決定を予知して期限後申告をした場合や、税務署の決定を受けた場合の基本的な割合は、次のとおりです。

• 納付すべき税額のうち50万円までの部分：15％
• 50万円を超え300万円までの部分：20％
• 300万円を超える部分：30％

調査の事前通知前に自主的に期限後申告をした場合は原則5％です。事前通知後でも、調査による決定を予知する前の申告では、上記の区分に対応して10％・15％・25％となります。一定の条件を満たす期限後申告など、無申告加算税がかからない場合もあります。

過去5年以内に一定の無申告加算税・重加算税が課されている場合や、前年・前々年にも一定の無申告がある場合には、10ポイントの加重措置があります。「過去に一度でも申告が遅れたら必ず加重」という制度ではなく、適用要件の確認が必要です。このほか帳簿不提示や売上の記載不足に関する加重措置もあるため、単一の割合を税額全体に掛けて「最大額」とすることはできません。

出典：国税庁「確定申告を忘れたとき」

重加算税と、電子取引データに関する10ポイント加重を区別します

税額計算の基礎となる事実を隠蔽・仮装し、それに基づいて申告したり申告しなかったりした場合には、該当する部分の過少申告加算税・無申告加算税に代えて重加算税が課されることがあります。基本的な割合は、過少申告の場合35％、無申告の場合40％です。単なる保存ミスや、申告が遅れたという事実だけで重加算税が決まるわけではありません。

出典：財務省「令和6年度改正関係資料・重加算税制度」、国税通則法68条

さらに、電子取引データを削除・改ざんして売上を除外するなど、そのデータに関連する隠蔽・仮装により重加算税が課される場合には、該当部分の重加算税が10ポイント加重される措置があります。これは、過去の無申告等の繰り返しに対する加重とは別の制度です。保存要件の不備だけを理由に「40％＋10％」が一律に課されるものではありません。

出典：国税庁「電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】問64」

なお、2027年1月1日以後に法定申告期限が到来する国税については、一定のシステムで電子取引データを送受信・保存し、あらかじめ届出をするなどの要件を満たす場合、この電子取引データに関する10ポイント加重の対象から除外する制度が適用されます。重加算税そのものを免除する制度ではありません。

出典：国税庁「請求書等を帳簿に自動連携する仕組みに対応した制度が新設されました」

2026年中の延滞税の割合は年2.8％・年9.1％です

延滞税は、原則として法定納期限の翌日から納付日までの期間について、本税に対して計算します。加算税にさらに延滞税を掛けるものではありません。

• 納期限までの期間と、納期限の翌日から2か月を経過する日まで：2026年中は年2.8％
• 納期限の翌日から2か月を経過する日の翌日以後：2026年中は年9.1％

ここでいう「納期限」は、期限内申告では法定納期限、期限後申告・修正申告では申告書を提出した日、更正・決定では通知書を発した日から1か月後の日です。期限後申告について、元の法定納期限から2か月たてば必ず高い割合になる、と計算しないよう注意してください。

2024年・2025年中の割合は年2.4％・年8.7％でした。年をまたぐ場合は各年の割合を使い、計算期間の特例や端数処理なども確認します。

出典：国税庁「延滞税の割合」、「延滞税について」

保存が不十分だったときに進めたい5つの対応

1. 残っているデータを保全する。メール、クラウドサービス、ECサイト、金融機関など、電子取引を行っている場所を洗い出します。取得済みのデータを削除せず、必要な情報を確認できる状態で保存してください。
2. 不足資料を確認する。再ダウンロードや取引先への再発行依頼が可能か確認します。紙の請求書、通帳、契約書なども整理し、データが不足した原因と再発防止策を記録します。後から資料をそろえたことで、過去の保存不備が必ず解消するとは限りません。
3. 申告状況と帳簿を照合する。未申告の年分・事業年度がないか、売上や経費の漏れ・重複がないかを確認します。保存方法の整備だけで終わらせず、必要な申告・納税の対応を進めます。
4. 継続できる保存方法を決める。改ざん防止、画面・書面への出力、検索への対応を確認します。専用システムの導入だけでなく、訂正・削除を防ぐ事務処理規程を整備・運用する方法もあります。
5. 担当者と確認手順を決める。従業員の立替経費を含め、誰が、いつ、どこに保存するかを共有します。データを取り出せるかを定期的に確認し、消失に備えたバックアップも検討してください。

原則の検索要件は「日付・金額・取引先」です。索引簿や規則性のあるファイル名を使う方法もあります。基準期間（原則2年・2期前）の売上高が5,000万円以下で、税務調査時のダウンロードの求めに応じられる場合など、検索要件が不要となる取扱いもあります。自社に適用される要件を確認して運用を決めましょう。

出典：国税庁「令和6年1月以降の電子取引データの保存方法について」、「電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】問12・30・98」

（仮定例）メールの請求書を印刷だけで保管し、申告していない年もある場合

個人事業主が、メールで受け取った請求書を印刷した紙だけで保管していたうえ、2年分の確定申告をしていなかったと仮定します。

この場合は、電子取引データの保存の問題と、申告をしていない問題を分けて対応します。保存については、メールやクラウドサービスに残っているデータを削除せずに保存し、取り出せないものは再ダウンロードや取引先への再発行の依頼を検討します。申告については、印刷した請求書や通帳なども使って年分ごとに売上と経費を集計し、期限後申告を進めます。資料をそろえても、過去の保存不備がそれだけで解消するとは限らない点にも注意します。実際の事例ではありません。

まとめ：保存状況と申告状況を分けて確認しましょう

電子保存の不備は放置せず、残っている資料の保全と保存方法の見直しを進めましょう。同時に、申告していない期間や、申告内容の誤りがないかを確認することが重要です。青色申告の承認取消し、加算税、推計課税などはそれぞれ要件があり、保存不備から全てが自動的に生じるわけではありません。

当事務所では、電子取引データの保存や、無申告・申告漏れに関するご相談を承っています。現在の資料と申告状況を確認したい方は、お問い合わせください。

本記事は2026年11月5日に確認した公表資料に基づく一般的な解説です。税目、対象年分・事業年度、申告の時期、過去の状況などにより取扱いは異なります。

数年分の申告がまだの方、資料がそろっていない方は、無申告サポートのページで対応内容と流れをご確認ください。

執筆者紹介

岩本隆一税理士事務所
代表税理士・行政書士
岩本 隆一Ryuichi Iwamoto

準大手税理士法人で多くの実務を経験後、横浜市西区で独立。「経営者の孤独と本音に寄り添うパートナー」を信条に、代表自らが直接対応します。IT（クラウド会計・LINE）を活用して業務を進めます。土日祝・夜間の対応は事前予約制です。横浜F・マリノスを愛する生粋の横浜っ子です