住職・宮司・職員の給与と源泉徴収｜宗教法人が行う年末調整・法定調書・住民税の特別徴収

横浜市で宗教法人の会計・税務相談を行っている、岩本隆一税理士事務所の代表、岩本隆一です。

「住職の給与にも源泉徴収は必要なのか」「年末調整は寺でやるのか」「法要を手伝ってくれた他の寺の僧侶へのお礼はどう扱うのか」「住民税の特別徴収の通知が市から来たが、宗教法人も対象なのか」――宗教法人の会計担当の方から、給与と源泉徴収について毎年秋から冬にかけてよく受けるご質問です。宗教法人は法人税の収益事業がなくても、住職・宮司・職員に給与を払っていれば源泉徴収義務者であり、年末調整・法定調書・住民税の特別徴収という一連の事務が毎年発生します。源泉徴収の漏れは宗教法人の税務で最も指摘されやすい項目でもあります。

この記事では、宗教法人が給与支払者として源泉徴収義務を負う仕組み、年末調整・源泉徴収票・法定調書・給与支払報告書の年間スケジュール、謝礼・布教師への支払・講師料の区分（給与か報酬か源泉不要か）、住民税の特別徴収の義務と手続き、源泉所得税の納期の特例と納付漏れがあった場合の対応を解説します。本記事は2026年11月6日時点の所得税法・地方税法と、国税庁「令和8年分 年末調整のしかた」「令和8年版 宗教法人の税務」に基づいています。2026年分の年末調整は、令和8年度税制改正による基礎控除・給与所得控除の引上げが12月の年末調整から適用される点に注意が必要です。

宗教法人も給与支払者として源泉徴収義務がある

所得税法183条により、給与を支払う者は支払の際に所得税（および復興特別所得税）を源泉徴収し、原則として翌月10日までに国に納付する義務があります。宗教法人も例外ではなく、住職・副住職・宮司・神職・牧師・寺務員・巫女・事務職員など、法人から給与を受ける人がいれば源泉徴収義務者です。法人税の収益事業があるかどうかとは無関係で、収益事業がまったくない寺院・神社でも、給与を払っていれば対象になります。

• 住職・宮司の給与：お布施・玉串料は宗教法人の収入であり、住職・宮司はそこから法人が決めた給与を受け取る立場です。代表役員・責任役員であっても、法人から受ける報酬は給与所得として源泉徴収の対象になります。お布施を住職個人の収入として法人を通さずに受け取る扱いは、法人の収入の計上漏れと住職の所得の申告漏れの両方になります。法人と個人の分け方は「宗教法人の会計と住職個人の生活費の分け方」で解説します。
• 現物給与：庫裏（住居）の無償提供、法人負担の食事、法衣以外の私服、家族の学費など、金銭以外で住職や家族が受ける経済的利益も原則として給与に含めて源泉徴収します。職務上必要な法衣・装束は給与になりません。
• 最初に行う届出：給与の支払を始めたら1か月以内に「給与支払事務所等の開設届出書」を所轄税務署に提出します。従業員が常時10人未満なら「源泉所得税の納期の特例の承認に関する申請書」も同時に提出すると、納付が年2回になります（後述）。
• 扶養控除等申告書の回収：給与を受ける人から「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を受け取り、源泉徴収税額表の甲欄で毎月の税額を計算します。申告書の提出がない人（他に主たる給与がある人）は乙欄で、日雇いの手伝いは丙欄で計算します。
• 社会保険：宗教法人は法人なので、役員・職員に報酬・給与を払っていれば健康保険・厚生年金の適用事業所になり、保険料の折半負担と毎月の控除が必要です。源泉徴収と並行して整えます。

年末調整・源泉徴収票・法定調書・給与支払報告書の年間スケジュール

給与に関する事務は、暦年（1月〜12月）を単位に回ります。宗教法人の会計年度が4月〜3月であっても、源泉徴収と年末調整は暦年で行います。

2026年分の年末調整の注意点：令和8年度税制改正により、2026年分（および2027年分）の基礎控除は合計所得金額489万円以下で104万円、489万円超655万円以下で67万円、655万円超2,350万円以下で62万円に引き上げられ、給与所得控除の最低保障額は65万円から74万円に引き上げられました。扶養親族・同一生計配偶者の所得要件は合計所得金額62万円以下（給与収入のみなら136万円以下）に、特定親族特別控除の対象は合計所得金額62万円超123万円以下に変わります。23歳未満の扶養親族がいる人の新生命保険料に係る一般生命保険料控除の上限は6万円になります。改正は2026年12月1日施行で、11月までの毎月の源泉徴収は改正前の税額表のまま行い、12月の年末調整で改正後の控除額を使って精算します。2027年1月以降の給与には新しい源泉徴収税額表を使います。年初に回収した2026年分の扶養控除等申告書は改正前の所得要件で書かれているため、年末調整の前に扶養親族の所得要件を改正後の金額で再確認してください。

法定調書の範囲：税務署に提出する源泉徴収票は、役員は年間給与150万円超、従業員は500万円超などの基準を超えるものに限られますが、市区町村への給与支払報告書は金額にかかわらず全員分を提出します（退職者は30万円以下なら省略可）。報酬・料金の支払調書は、同一人への年間支払額が5万円を超える講演料・原稿料・税理士報酬などが対象です。法人が個人に地代（境内地以外の借地料など）を年15万円超支払っている場合は、不動産の使用料等の支払調書も必要です。

謝礼・布教師への支払・講師料の源泉徴収の区分

宗教法人の支払で判断に迷いやすいのが、職員以外の人への謝礼です。「給与」「源泉徴収が必要な報酬・料金」「源泉徴収が不要な支払」の3つに分けて考えます。

判定の順序は、①雇用関係があるか（あれば給与）→②所得税法204条に列挙された報酬・料金（原稿料・講演料・弁護士等の報酬・芸能人の報酬など）に当たるか→③どちらでもなければ源泉徴収不要、です。他寺の僧侶への読経のお礼は②に列挙されていないため源泉徴収は不要ですが、支払の記録（相手・日付・金額・内容）は法人側で残しておきます。「お布施」「お礼」「志」といった名目では区分は決まらず、相手との関係と支払の性質で判断します。

住民税の特別徴収の義務と手続き

個人住民税（市民税・県民税）は、給与所得者については給与から天引きして事業者が市区町村に納める「特別徴収」が原則です（地方税法321条の4）。所得税の源泉徴収義務がある事業者は住民税の特別徴収義務者でもあり、宗教法人も対象です。神奈川県と県内の市町村は、原則としてすべての事業者を特別徴収義務者に指定する運用を行っており、横浜市内の宗教法人も、住職・職員の住民税を6月から翌年5月まで12回に分けて給与から控除し、翌月10日までに各人が住む市区町村へ納めます。

• 手続きの流れ：1月31日までに提出した給与支払報告書に基づき、5月に市区町村から「特別徴収税額の決定通知書」（事業者用・納税義務者用）が届きます。納税義務者用を本人に渡し、通知された月割額を6月以降の給与から控除します。
• 普通徴収にできる場合：給与支払報告書と一緒に「普通徴収切替理由書」を提出すれば、総従業員数が2人以下、他の事業所で特別徴収されている、給与が少なく税額を控除できない、給与が毎月支払われない、退職予定、といった事情のある人は本人納付（普通徴収）にできます。理由書なしに特別徴収をしないことはできません。
• 納期の特例：従業員が常時10人未満の事業者は、市区町村に申請して承認を受けると、住民税の納付を年2回（6〜11月分を12月10日、12〜5月分を6月10日）にできます。市区町村ごとの申請が必要です。
• 入退職時：職員が退職したときは「給与所得者異動届出書」を翌月10日までに市区町村へ提出し、残りの税額を一括徴収するか普通徴収に切り替えます。
• 複数の市区町村：職員の住所地が異なれば、それぞれの市区町村に納付します。eLTAX（地方税ポータルシステム）の共通納税を使うと、複数の市区町村分を一括で納付できます。

源泉所得税の納期の特例と納付漏れがあった場合の対応

源泉所得税は原則として給与を支払った月の翌月10日が納期限ですが、給与の支給人員が常時10人未満の宗教法人は「源泉所得税の納期の特例の承認に関する申請書」を提出すると、1〜6月分を7月10日、7〜12月分を翌年1月20日にまとめて納付できます。申請した月の翌月分の給与から適用されます。納期の特例の対象は給与と退職手当、税理士等の一定の報酬で、講演料や原稿料などの報酬の源泉所得税は特例の対象外のため、毎月翌月10日までに納付します。

源泉徴収をしていなかった、または徴収したのに納付が遅れた場合の扱いは次のとおりです。

• 不納付加算税：法定納期限までに納付しなかった源泉所得税には、原則として税額の10％の不納付加算税が課されます。税務署から告知を受ける前に自主的に納付すれば5％に軽減されます。法定納期限から1か月以内に納付し、過去1年間に納付の遅れがなければ課されません。加算税の額が5,000円未満のときも課されません。
• 延滞税：法定納期限の翌日から納付日までの日数に応じて、2026年中は年2.8％（納期限の翌日から2か月を経過した後は年9.1％）の延滞税がかかります。
• 徴収漏れの本税：源泉徴収義務は支払者である宗教法人にあるため、徴収していなかった税額も法人がまず納付し、その後本人（住職・職員）から徴収するのが原則です。本人から回収しない場合は、その分が追加の給与（手取り保証）として扱われ、税額が増えることがあります。
• 年末調整のやり直し：扶養親族の所得要件の確認漏れや控除証明書の後出しがあった場合、翌年1月31日までであれば年末調整の再計算で直せます。それ以降は本人の確定申告で調整します。

源泉所得税は税務調査で確認される頻度が高い項目です（「源泉所得税の税務調査」参照）。特に、住職への給与の計算根拠、現物給与の計上、他寺の僧侶や講師への支払の区分、法定調書の提出状況は確認されやすいため、支払の記録と区分の根拠を残しておきます。当事務所の宗教法人の会計・税務相談では、給与計算の体制づくり、年末調整・法定調書の代行、謝礼の区分の整理を、顧問契約なしのスポットでも承っています。

国税不服審判所の公表裁決：代表者の住居に置いた家具等が現物給与とされた事例

平成21年10月28日の裁決は、宗教法人が所有するマンションを代表者に住居として貸し、法人で購入した家具・カーテン・食器等を室内に置いていた事案です。税務署は、低額の賃料と家具等の無償使用を代表者への経済的利益（給与）として、源泉所得税の納税告知と不納付加算税の賦課決定をしました。

法人は家具等は宗教活動のためのものだと主張しましたが、審判所は、マンションで宗教行事は行われず、代表者が一人で住み光熱費も個人で払っていたことなどから、代表者が専属的に使っていたと認め、給与に当たると判断しました（耐用年数などの誤りを正して一部取消し）。住居や備品を使わせる場合は、宗教活動との関係と賃料相当額の根拠を記録しておくことが大切です。

出典：国税不服審判所「平成21年10月28日裁決（裁決事例集No.78）」

執筆者紹介

岩本隆一税理士事務所
代表税理士・行政書士
岩本 隆一Ryuichi Iwamoto

準大手税理士法人で多くの実務を経験後、横浜市西区で独立。「経営者の孤独と本音に寄り添うパートナー」を信条に、代表自らが直接対応します。IT（クラウド会計・LINE）を活用して業務を進めます。土日祝・夜間の対応は事前予約制です。横浜F・マリノスを愛する生粋の横浜っ子です