持分あり医療法人の出資持分と相続｜評価の考え方と持分なし医療法人への移行（認定医療法人制度）

横浜市で医療法人の設立・税務顧問・事業承継サポートを行っている、岩本隆一税理士事務所の代表、岩本隆一です。

「医療法人の出資持分は相続財産になるのか」「評価はどれくらいになるのか」「持分なし医療法人に移行したほうがよいのか」――持分あり医療法人（経過措置型医療法人）の理事長や後継者の方から、事業承継を考え始めた段階でよく受けるご相談です。持分あり医療法人は、長年の利益が法人内に蓄積されて出資持分の評価額が大きくなりやすく、相続のときに「現金化できない財産に多額の相続税がかかる」という問題が起きます。認定医療法人制度を使った持分なし医療法人への移行は、この問題への一つの答えですが、財産権を放棄するという重い判断を伴います。

この記事では、持分あり・持分なし医療法人の違いと現状、出資持分の相続税評価の考え方（類似業種比準・純資産）と評価額が大きくなる理由、持分なし医療法人への移行と認定医療法人制度（贈与税の非課税・運営要件・申請期限）、移行のメリット・デメリット（財産権の放棄・退社時の払戻し）、事業承継・M&Aを含めた選択肢と相談の進め方を解説します。本記事は2026年11月6日時点の医療法・相続税法・租税特別措置法・財産評価基本通達と国税庁タックスアンサーNo.4150に基づいています。非上場株式の評価の見直しは「非上場株式の評価の見直し」で解説しています。

持分あり・持分なし医療法人の違いと現状

医療法人（社団）には、出資者（社員）が法人の財産に対する権利（出資持分）を持つ「持分あり医療法人」と、持たない「持分なし医療法人」があります。2007年4月の医療法改正で持分あり医療法人の新設はできなくなり、既存の持分あり医療法人は「経過措置型医療法人」として当分の間存続が認められています。2026年時点でも、医療法人の過半数が持分あり医療法人です。

剰余金の配当が禁止されているため、持分あり医療法人では利益が外部に出ず、純資産として法人内に積み上がります。この積み上がった純資産が出資持分の評価額になり、相続税の課題を生みます。

出資持分の相続税評価の考え方類似業種比準・純資産と評価額が大きくなる理由

出資持分の相続税評価は、取引相場のない株式の評価方法に準じて行います（財産評価基本通達194-2）。医療法人の規模（従業員数・総資産・医業収入）に応じて、類似業種比準方式と純資産価額方式を組み合わせます。

• 純資産価額方式：法人の資産を相続税評価額で評価し直し、負債を差し引いた純資産から、評価差額に対する法人税等相当額（37％）を控除した金額を、出資総額に対する持分の割合で按分します。簡単に言えば「法人を解散して財産を分けたら出資者に戻る金額」に近い評価です。
• 類似業種比準方式：類似業種（医療法人は「その他の産業」）の株価を基に、法人の利益と純資産（簿価）を比準して評価します。医療法人は配当がないため、一般の会社の評価で使う「配当」の要素を除いて計算します。会社の規模に応じた斟酌率（大会社0.7、中会社0.6、小会社0.5）を乗じます。
• 規模区分による併用：大会社に当たる医療法人は類似業種比準方式（純資産価額も選択可）、中会社は両方式の併用（Lの割合0.9・0.75・0.6）、小会社は純資産価額方式（類似業種との併用も選択可）が原則です。多くのクリニック規模の医療法人は小会社または中会社に区分されます。
• 出資額限度法人の場合：定款で退社時の払戻しを出資額までと定めていても、相続税評価は上記の方法で計算するのが原則で、評価額が出資額まで下がるわけではありません。

評価額が大きくなる理由は、①配当ができないため利益がすべて純資産に蓄積される、②医療法人は不動産・医療機器・現預金など資産を多く持つ、③出資者が理事長一人または家族数人に集中していることが多く、持分の大半が一人の相続財産になる、の三つです。たとえば出資額が1,000万円の医療法人でも、30年の運営で純資産が5億円になっていれば、出資持分の評価額は数億円規模になり得ます。この評価額は現金化できない（売却市場がない・配当もない）にもかかわらず、相続税の課税対象になります。

仮定例：理事長が出資持分の100％を持ち、純資産価額方式で評価した持分の評価額が3億円、他に自宅・預金が1億円、相続人が配偶者と子2人の場合、相続財産4億円に対する相続税の総額は約9,200万円（配偶者の税額軽減適用前の概算）になります。持分を相続する後継者が納税資金を用意できないと、法人からの借入れや持分の払戻し（法人の資金流出）に頼ることになります。

持分なし医療法人への移行と認定医療法人制度

持分あり医療法人は、定款を変更して持分なし医療法人に移行することができます。移行には全出資者の持分の放棄が必要で、放棄に伴って次の課税の問題が生じるため、これを手当てする制度が「認定医療法人制度」（持分の定めのない医療法人への移行計画の認定制度）です。

制度の主な要件と期限（2026年11月6日時点）は次のとおりです。

• 認定の申請期限：厚生労働大臣の認定を受けられる期間は、国税庁タックスアンサーNo.4150の記載により2029年（令和11年）12月31日までです（令和8年度税制改正で2026年12月31日から3年延長）。
• 移行の期限：認定を受けた後、認定移行計画に定めた移行期限までに全出資者の持分放棄を完了します。移行計画の期間は制度の改正で変更されることがあるため、申請時に厚生労働省の最新の案内で確認します。
• 運営要件（移行時・移行後6年間）：①法人関係者（役員・社員・親族など）に特別の利益を与えないこと、②役員報酬が不当に高額でないこと、③役員のうち親族など特殊関係者が3分の1以下であること、④遊休財産（事業に使っていない財産）が事業費用相当額を超えないこと、⑤法令違反・帳簿書類の隠蔽などがないこと、⑥社会保険診療等の収入が全収入の80％超であること、⑦自費患者に対して社会保険診療と同一の基準で請求していること、⑧医業収入が医業費用の150％以内であること。
• 手続きの流れ：社員総会で移行の意思決定→移行計画の作成・申請（厚生労働省）→認定→定款変更（所轄庁の認可）→全出資者の持分放棄→移行完了の報告→以後6年間の運営状況の報告。

運営要件のうち、医療法人で引っかかりやすいのは③（親族役員の割合）と①②（理事長一族への利益供与・報酬）です。理事長・配偶者・子が理事の大半を占める法人は、外部の理事・監事を迎えて構成を見直す必要があります。また、MS法人との取引や理事長個人からの不動産賃借が「特別の利益」に当たらないか（適正な対価か）の確認も必要です。

移行のメリット・デメリット財産権の放棄・退社時の払戻し

判断の軸は、「持分の評価額に対する相続税の負担」と「財産権の放棄・将来の売却可能性」の比較です。後継者が決まっていて医療法人を長く続ける前提なら移行のメリットが大きく、将来M&Aで第三者に売却する可能性があるなら持分を残す選択も検討対象になります。

事業承継・M&Aを含めた選択肢と相談の進め方

持分あり医療法人の承継の選択肢は、移行だけではありません。主な選択肢を整理します。

• ①認定医療法人制度を使って持分なしに移行する：後継者がいて法人を存続させる前提。相続税の問題を根本的に解消する。要件の整備（役員構成・報酬・取引）に時間がかかるため、申請期限（2029年12月31日）から逆算して早めに着手する。
• ②持分ありのまま、生前に後継者へ持分を移す：贈与（暦年・相続時精算課税）や売買で後継者に持分を移す。評価額が高いと贈与税・譲渡所得税の負担が大きい。評価額が下がるタイミング（大型設備投資・退職金支給の年度）を計画的に使う方法がある。
• ③持分ありのまま相続を迎え、相続税の納税猶予を使う：相続発生後に認定を受け、相続人が移行期限までに放棄して納税免除を受ける。ただし認定の申請期限内であること、相続後に要件を整えられることが条件。
• ④第三者への承継（M&A）：後継者がいない場合、持分の譲渡（持分あり）または理事長交代と退職金（持分なし）で第三者に承継する。承継先の確保と対価の設計に専門家の支援が必要。
• ⑤個人クリニックへの戻し・解散：法人を解散すると残余財産は出資者に分配され（持分あり）、分配に所得税（みなし配当）がかかる。最終手段。

相談の進め方は、①現時点の出資持分の評価額を計算し、相続税の概算を把握する→②後継者の有無と承継の時期を確認する→③運営要件の充足状況（役員構成・報酬・親族取引・社保割合）を点検する→④移行・持分移転・M&Aの選択肢ごとに税負担と手続き期間を比較する→⑤社員総会・理事会で方針を決め、スケジュールを組む、という順序です。評価の計算には直近3期の決算書・固定資産の明細・保険契約の内容が必要になります。

当事務所の医療法人設立・税務顧問サポートでは、出資持分の評価と相続税の試算、認定医療法人制度の要件点検と移行計画の作成支援、承継の選択肢の比較を行っています。相続が発生した後の相続税申告（「相続税申告の流れ」）と納税猶予の手続きもあわせて対応します。

執筆者紹介

岩本隆一税理士事務所
代表税理士・行政書士
岩本 隆一Ryuichi Iwamoto

準大手税理士法人で多くの実務を経験後、横浜市西区で独立。「経営者の孤独と本音に寄り添うパートナー」を信条に、代表自らが直接対応します。IT（クラウド会計・LINE）を活用して業務を進めます。土日祝・夜間の対応は事前予約制です。横浜F・マリノスを愛する生粋の横浜っ子です