資料がそろわないまま期限が来るときの選択肢｜期限内に申告して後から修正申告・更正の請求をする流れ

横浜市で期限直前の確定申告をお手伝いしている、岩本隆一税理士事務所の代表、岩本隆一です。

「取引先からの資料がまだ届かない」「経費の集計が終わらない」「資料がそろうまで申告を待つべきか、それとも今ある分で出すべきか」――申告期限が迫っているのに資料が不足しているとき、「出すか、待つか」で迷う方は多くいらっしゃいます。結論からお伝えすると、期限内に「確認できる範囲で正確に」申告し、未確定の部分は後から修正申告や更正の請求で補正するのが、制度上も実務上も正しい選択です。ただし「とりあえず少なく出しておく」ことは認められません。

この記事では、期限内申告の重要性（無申告加算税・青色申告の65万円控除・特例の期限内要件）、資料が足りないときの考え方、修正申告と更正の請求の違い・期限・加算税の扱い、「わざと少なく出す」ことが問題になる理由、法人の申告期限の延長の特例を解説します。本記事は2026年11月6日時点の国税通則法・所得税法・法人税法に基づいています。期限直前の優先順位と最低限の資料は「確定申告の期限まであと数日｜最低限そろえる資料と優先順位」をご覧ください。

期限内申告の重要性

• 無申告加算税がかからない：期限を過ぎると、自主的な期限後申告でも原則5％（調査の通知後は10％〜、調査後は15％〜）の無申告加算税がかかります。期限内に申告していれば、後から修正申告をしても無申告加算税の対象にはなりません。
• 青色申告特別控除の65万円（55万円）：期限内申告が要件で、期限後になると10万円に下がります。
• 振替納税：期限内申告なら、納付を4月の口座引き落としにできます。期限後申告では使えません。
• 当初の申告書への記載が必要な特例：多くの所得控除や税額控除は後から更正の請求で適用できますが、一部の特例は当初の申告書に記載していないと後から使えないものがあります。期限内申告の段階で、使う予定の特例は必ず記載します。
• 青色申告の承認：2年連続で期限後申告になると、青色申告の承認が取り消されることがあります。

つまり、「資料がそろってから正確に出す」ために期限を過ぎると、無申告加算税・65万円控除の減少・振替納税の不可という、資料不足で生じる誤差よりはるかに大きい不利益を受けることになります。

資料が足りないときの考え方

基本は「確認できる範囲で正確に計上し、未確定の部分は申告後に補正する」です。具体的には次のように進めます。

• 売上は必ず確定させる：売上は通帳の入金・請求書・売上レポートで確認でき、税務署も把握している数字です。資料不足を理由に売上を少なく見積もることは、後述のとおり認められません。年末時点の未入金分（売掛金）も、請求書や納品の記録で確定します。
• 経費は資料のあるものを計上する：領収書・カード明細・通帳で確認できる経費を計上し、確認できないものは入れません。後から資料が見つかれば、更正の請求で追加できます。
• 控除は証明書のあるものを計上する：見つからない控除証明書（生命保険料・小規模企業共済など）は、後から再発行して更正の請求で適用できます。
• 取引先の資料待ちの項目：支払調書が届いていなくても、自分の請求書と入金記録で売上は確定できます。外注先からの請求書が未着なら、契約や発注の記録で金額が確定していれば未払金として計上し、確定していなければ計上せずに後から補正します。
• 補正の記録を残す：どの項目を未確定として扱ったかをメモし、申告後の補正漏れを防ぎます。

修正申告と更正の請求の違い・期限・加算税の扱い

• 修正申告（税額が増える方向の訂正）：売上の計上漏れや経費の入れすぎなど、本来の税額より少なく申告していた場合に行います。期限はなく（税務署が更正できる期間内）、申告と同時に差額を納付します。税務署の調査の通知を受ける前に自主的に行えば過少申告加算税はかからず、通知後・調査前は5％（50万円超または当初税額超の部分は10％）、調査で指摘されてからは10％（同15％）です。差額には法定納期限の翌日からの延滞税がかかりますが、期限内申告をしていた場合、法定納期限から1年を経過した後の期間は延滞税の計算から除かれます（重加算税の場合を除く）。
• 更正の請求（税額が減る方向の訂正）：経費の計上漏れ、控除の適用漏れなど、本来より多く申告していた場合に、法定申告期限から5年以内に「更正の請求書」を税務署に提出します。2026年分なら2032年3月15日までです。証拠書類（領収書・証明書など）を添付し、税務署が内容を確認して減額の更正をすれば、納めすぎた税金が還付されます。審査には通常数か月かかります。

自主的な修正申告と加算税の関係は「自主的修正申告で加算税はどう変わる？」、過少申告加算税の仕組みは「過少申告加算税とは？」で解説しています。

（仮定例）期限内に申告した後、売上の漏れと経費の漏れが見つかった場合

確認できた資料で期限内に所得税の確定申告をした個人事業主が、その後、取引先から届いた支払調書で売上の計上漏れに気づいたとします。税務署から調査の事前通知を受ける前に自主的に修正申告をすれば、過少申告加算税はかかりません。増えた税金は修正申告書を提出する日に納め、納付の日までの延滞税もあわせて納めます。

反対に、後から経費の領収書がまとまって見つかり、税金を多く納めていたと分かった場合は、法定申告期限から原則5年以内であれば更正の請求ができます。税務署が内容を検討し、納め過ぎと認められれば減額更正のうえ還付されます。実際の事例ではありません。

出典：国税庁 タックスアンサー No.2026「確定申告を間違えたとき」

「わざと少なく出す」ことが問題になる理由

「とりあえず少なめに出して、後から修正すればいい」という考え方は、次の理由で危険です。

• 過少申告加算税の対象になる：後から自主的に修正申告すれば加算税はかかりませんが、修正する前に税務調査の通知を受ければ、通知後の修正申告として5％〜、調査で指摘されれば10％〜の過少申告加算税がかかります。
• 重加算税との線引き：売上を意図的に除外する、帳簿を書き換えるなど「仮装・隠蔽」と判断されると、過少申告加算税に代えて35％の重加算税がかかり、延滞税の除算期間の特例も使えません。「資料が足りなかった」と「意図的に少なくした」の線引きは、売上の資料があったのに計上しなかったかどうか、根拠のない経費を入れたかどうかで判断されます。
• 信用の問題：過少申告や重加算税の履歴は、その後の税務調査の頻度や、繰り返しの場合の加算税の加重にも影響します。

「確認できる範囲で正確に出す」と「わざと少なく出す」は、申告書の見た目は似ていても、税務上の扱いはまったく異なります。前者は後から補正すれば加算税なし、後者は加算税・重加算税の対象です。

法人の場合｜申告期限の延長の特例

法人税の申告期限は原則として決算日から2か月以内ですが、定款で株主総会の開催時期が決算日から3か月以内と定められている法人は、「申告期限の延長の特例の申請書」を提出することで、申告期限を1か月延長できます。申請書は、延長の適用を受けようとする事業年度の終了の日までに税務署に提出します。消費税についても、法人税の延長を受けている法人は届出により1か月延長できます（地方税も同様の手続きが必要）。

ただし、延長されるのは申告期限だけで、納付は原則の期限（決算日から2か月以内）に見込額を納める必要があり、不足があれば利子税がかかります。決算が毎年ぎりぎりになる法人は、この特例を使っておくと資料不足の問題を構造的に減らせます。個人の所得税には、災害などの場合を除いて期限の延長はありません。法人の決算スケジュールは「法人の決算スケジュール」で解説しています。

当事務所では、期限直前のご依頼について、確認できる資料で期限内申告を行い、未確定の項目を整理したうえで、資料がそろい次第、修正申告または更正の請求まで対応しています。詳しくは確定申告 お急ぎサポートのページをご覧ください。

まとめ：期限内に「確認できる範囲で正確に」出し、後から修正申告・更正の請求で整える

資料がそろわなくても、期限内に申告すれば無申告加算税がかからず、青色申告の65万円控除と振替納税が使えます。売上は入金記録で必ず確定させ、経費と控除は資料のあるものを計上し、未確定の部分は申告後に補正します。税額が増える訂正は修正申告（自主的なら加算税なし）、減る訂正は更正の請求（5年以内）です。意図的に少なく出す申告は過少申告加算税・重加算税の対象になるため、「資料不足で確認できなかった」と「わざと少なくした」の違いを理解しておくことが大切です。法人は申告期限の延長の特例で1か月の余裕を作れます。

執筆者紹介

岩本隆一税理士事務所
代表税理士・行政書士
岩本 隆一Ryuichi Iwamoto

準大手税理士法人で多くの実務を経験後、横浜市西区で独立。「経営者の孤独と本音に寄り添うパートナー」を信条に、代表自らが直接対応します。IT（クラウド会計・LINE）を活用して業務を進めます。土日祝・夜間の対応は事前予約制です。横浜F・マリノスを愛する生粋の横浜っ子です