退職・転職・年の途中で独立した年の確定申告｜源泉徴収票と事業所得の合算、還付になるケース

横浜市で確定申告お急ぎサポートと個人事業主の税務顧問を行っている、岩本隆一税理士事務所の代表、岩本隆一です。

「年の途中で会社を辞めて、年末調整を受けていない」「転職先に前の会社の源泉徴収票を出していない」「夏に独立したが、会社員だったころの給与と事業の売上はどう合算するのか」「退職金は申告が必要なのか」――退職・転職・独立の年は、確定申告が必要になる人、申告すれば税金が戻る人が多い年です。給与と事業の所得が混在し、社会保険の切り替えや退職金も絡むため、何を合算して何を別に計算するかを整理すれば、申告の手順ははっきりします。

この記事では、退職後に年末調整を受けていない場合の確定申告（還付になりやすいケース）、給与所得と事業所得（または雑所得）の合算と所得控除の適用、退職金の申告（退職所得の受給に関する申告書の有無）、開業初年度の届出（開業届・青色申告承認申請の期限）と初年度の経費（開業費）、必要書類と申告の進め方を解説します。本記事は2026年11月6日時点の所得税法と令和8年度税制改正後の2026年分の控除額に基づいています。副業収入の申告の要否は「副業が20万円以下なら申告不要？」、個人事業主の経費の考え方は「個人事業主の経費と家事関連費の按分」をご覧ください。

退職後に年末調整を受けていない場合の確定申告還付になりやすいケース

会社員の所得税は、毎月の給与から「1年間同じ給与が続く前提」で源泉徴収され、12月の年末調整で1年分の正しい税額に精算されます。年の途中で退職し、その年のうちに再就職して前職の源泉徴収票を新しい勤務先に提出すれば、新しい勤務先が前職分を含めて年末調整をしてくれます。しかし、次の場合は年末調整が行われないため、確定申告で精算します。

年の途中で退職して再就職しなかった場合に還付になりやすい理由は次のとおりです。

• 源泉徴収が「年収ベース」で高めに計算されている：1〜6月で300万円の給与を受けた人の毎月の源泉徴収は、年収600万円相当の税率で引かれています。実際の年収は300万円＋その後の所得なので、所得税の年税額は源泉徴収額を下回ることが多く、差額が還付されます。
• 基礎控除・給与所得控除が年額で引ける：基礎控除（2026年分は合計所得金額489万円以下で104万円）と給与所得控除（最低74万円）は、働いた月数にかかわらず年額で控除できます。
• 退職後に払った社会保険料が控除できる：退職後の国民健康保険料・国民年金保険料、健康保険の任意継続の保険料は、年末調整では反映されていないため、確定申告で社会保険料控除として追加できます。
• 生命保険料控除・地震保険料控除・iDeCoなどが未反映：年末調整がなければ、これらの控除も確定申告で初めて反映されます。
• 雇用保険の基本手当（失業給付）は非課税：所得に含めないため、退職後に基本手当を受けていた人の所得は給与分だけになり、税額が小さくなります。

還付申告は翌年1月1日から5年間できますが、事業所得がある人や転職先に前職分を出していない人は申告義務があるため、翌年3月15日までに申告します。

給与所得と事業所得（または雑所得）の合算と所得控除の適用

退職後に独立した年は、1月1日〜退職日までの給与所得と、独立後の事業所得（または雑所得）を合算して所得税を計算します（総合課税）。計算の流れです。

仮定例（概算）：1〜6月の給与300万円（源泉徴収税額約16万円、社会保険料45万円）、7月に独立して12月までの事業所得100万円（白色）、退職後の国民健康保険・国民年金45万円の場合。給与所得は300万円−98万円＝202万円、事業所得100万円、合計所得302万円。所得控除は社会保険料90万円＋基礎控除104万円＝194万円で、課税所得は108万円、所得税は約5.5万円。源泉徴収税額約16万円との差額約10万円が還付されます。事業所得が赤字（−50万円）だった場合は給与所得と通算して合計所得152万円になり、課税所得はほぼゼロで源泉徴収税額の大半が還付されます。

住民税は、翌年6月以降に前年の所得に対して課税されます。退職後は給与からの天引き（特別徴収）がなくなるため、市区町村から送られる納付書で自分で納めます（普通徴収）。退職した年の翌年は、会社員時代の所得に対する住民税を自分で払うことになるため、資金を確保しておきます。

退職金の申告退職所得の受給に関する申告書の有無

退職金は「退職所得」として、給与や事業所得とは分けて計算されます（分離課税）。退職所得控除が大きく、控除後の2分の1に課税される（勤続5年以下の役員等、勤続5年以下の従業員の300万円超部分は2分の1なし）ため、税負担は軽い所得です。確定申告が必要かどうかは、退職時に会社へ「退職所得の受給に関する申告書」を提出したかで決まります。

• 退職所得控除：勤続20年以下は40万円×勤続年数（最低80万円）、20年超は800万円＋70万円×（勤続年数−20年）。勤続年数の1年未満の端数は切り上げです。
• 退職所得の源泉徴収票：退職金を受けた人には会社から「退職所得の源泉徴収票」が交付されます。確定申告で退職所得を申告する場合はこれを使います。
• 他の所得が赤字の場合：退職所得は分離課税ですが、事業所得の赤字が給与所得から引いても残る場合など、一定の場合には退職所得から控除できることがあります。該当する年は、申告書に退職所得を記載したほうが有利になることがあります。
• iDeCo・小規模企業共済の一時金との関係：退職金と同じ年（または近い年）にこれらの一時金を受け取ると、退職所得控除の重複調整が行われます。独立後に小規模企業共済へ加入する場合、将来の受取時期の設計に影響します。

（仮定例）退職所得の受給に関する申告書を出さずに退職金を受け取った場合

（仮定例）勤続10年2か月で退職し、退職金800万円を受け取った場合を考えます。勤続年数は1年未満を切り上げて11年、退職所得控除額は40万円×11年＝440万円、課税退職所得金額は（800万円−440万円）×1/2＝180万円で、申告書を提出していれば源泉徴収税額は91,890円です。

申告書を提出しなかった場合は、800万円×20.42％＝1,633,600円が源泉徴収されます。確定申告で退職所得を申告すると正しい税額で精算され、この例では差額の約154万円が還付される計算です（他の所得や所得控除の状況により変わります）。実際の事例ではありません。

出典：国税庁 タックスアンサーNo.2732「退職手当等に対する源泉徴収」（同ページの計算例と同じ条件）

開業初年度の届出と初年度の経費（開業費）

独立した年は、確定申告と並行して次の届出があります。特に青色申告承認申請書は期限が短く、逃すと初年度は白色申告になります。

開業費：独立前に開業準備のために特別に支出した費用（名刺・ウェブサイト・市場調査・打合せの交通費・セミナー代・事務所の契約前の下見費用など）は、開業日より前の支出でも「開業費」として繰延資産に計上し、任意の年に償却して経費にできます。初年度に全額償却しても、利益が出た年にまとめて償却してもよく、独立初年度の所得調整に使える項目です。領収書は開業前のものも保管してください。なお、10万円以上の資産（パソコン・車など）や、事業用の商品の仕入れは開業費ではなく、それぞれ固定資産・仕入として処理します。会社員時代に買ったパソコンなどを事業に使う場合は、購入時の価額から経過年数分の減価を差し引いた額で事業用資産として計上できます。

必要書類と申告の進め方

• 給与関係：前職（転職した場合は全職場）の給与所得の源泉徴収票。退職後1か月以内に交付される。紛失・未交付なら会社に請求（会社が応じない場合は税務署に「源泉徴収票不交付の届出書」）。
• 退職金関係：退職所得の源泉徴収票（申告書を提出しなかった場合は確定申告で使う）。
• 社会保険料：国民年金保険料の控除証明書（日本年金機構から送付）、国民健康保険料の納付額（市区町村の通知・納付書控え）、健康保険の任意継続保険料の納付額。
• その他の控除：生命保険料・地震保険料の控除証明書、iDeCo・小規模企業共済の掛金証明書、医療費の明細、ふるさと納税の受領証（ワンストップ特例は確定申告をすると無効になるため、すべて申告書に記載）。
• 事業関係：開業日からの売上の請求書・入金記録、経費の領収書、開業費の領収書、取引先からの支払調書（源泉徴収された報酬がある場合）、事業用口座の通帳、青色申告なら帳簿（複式簿記）。
• 共通：マイナンバーカード、還付先の口座情報、前年の申告書（あれば）。

進め方は、①源泉徴収票と控除証明書を揃える、②事業の売上・経費を集計する（会計ソフトに開業日からの取引を入力）、③e-Taxまたは確定申告書等作成コーナーで給与・事業・退職（必要な場合）を入力し、所得控除を反映、④源泉徴収税額との差額（還付・納付）を確認して送信、の順です。退職・独立の年は項目が多く、「給与と事業の合算」「退職後の社会保険料の控除」「開業費」「青色申告の申請期限」のいずれかを落とす方が多いため、初年度だけ税理士に確認を依頼し、2年目以降をご自身で行う方法も合理的です。独立後の経理の体制づくりは「freee・マネーフォワード・弥生、個人事業主はどれを選ぶ？」をご覧ください。

当事務所の確定申告お急ぎサポートでは、退職・転職・独立の年の確定申告（給与・事業・退職所得の合算、開業初年度の届出の確認を含む）を、期限直前のご依頼にも対応しています。独立後に顧問を希望される方は税務顧問・確定申告サポートをご覧ください。

執筆者紹介

岩本隆一税理士事務所
代表税理士・行政書士
岩本 隆一Ryuichi Iwamoto

準大手税理士法人で多くの実務を経験後、横浜市西区で独立。「経営者の孤独と本音に寄り添うパートナー」を信条に、代表自らが直接対応します。IT（クラウド会計・LINE）を活用して業務を進めます。土日祝・夜間の対応は事前予約制です。横浜F・マリノスを愛する生粋の横浜っ子です