相続した不動産を売却するときの税金｜取得費加算・空き家の3,000万円特例・申告の時期

横浜市で相続税申告サポートと不動産売却の確定申告サポートを行っている、岩本隆一税理士事務所の代表、岩本隆一です。

「相続した実家を売ることにしたが、税金はいくらかかるのか」「親が買ったときの金額が分からない」「空き家の3,000万円の特例というのは使えるのか」「相続税の申告の前と後、どちらで売るのが有利なのか」――相続した土地・建物を売却する予定の相続人の方からのご相談です。相続した不動産の売却には、通常の不動産売却の税金の計算に加えて、相続特有の二つの制度（相続税の取得費加算と、被相続人の居住用財産の3,000万円特別控除）があり、どちらを使うか・いつ売るかで税額が大きく変わります。

この記事では、譲渡所得の計算（売却価格−取得費−譲渡費用）と取得費が不明な場合（5％概算）、相続税の取得費加算（申告期限から3年以内の売却）、被相続人の居住用財産（空き家）の3,000万円特別控除の要件（昭和56年5月31日以前の建物・耐震改修または取壊し・1億円以下・期限）、売却時期の選び方（相続税申告との前後・取得費加算と空き家特例の選択）、確定申告の必要書類と時期を解説します。本記事は2026年11月6日時点の所得税法・租税特別措置法39条・35条3項と国税庁タックスアンサーに基づいています。相続不動産に限らない売却全般の申告は「不動産を売却したときの確定申告」、売却前の評価は「不動産の相続税評価の基本」をご覧ください。

譲渡所得の計算と取得費が不明な場合（5％概算）

不動産を売却したときの税金（所得税・住民税）は、譲渡所得に対してかかります。計算式は次のとおりです。

譲渡所得 ＝ 売却価格 − 取得費 − 譲渡費用（− 特別控除）

• 取得費：相続で取得した不動産の取得費は、被相続人（亡くなった方）が購入したときの金額を引き継ぎます。建物は購入後の減価償却相当額を差し引いた金額です。購入時の仲介手数料・登記費用・不動産取得税も取得費に含まれます。相続登記の登録免許税・司法書士報酬も取得費に加えられます。
• 取得時期も引き継ぐ：所有期間の判定（5年超なら長期譲渡で税率20.315％、5年以下なら短期で39.63％）は、被相続人が購入した日から数えます。相続してすぐに売っても、被相続人が5年以上前に購入していれば長期譲渡です。
• 譲渡費用：売却時の仲介手数料、売買契約書の印紙税、測量費、売却のための建物の取壊し費用、立退料など。相続税や相続登記費用、固定資産税、修繕費は譲渡費用になりません。
• 取得費が分からない場合（概算取得費）：被相続人が何十年も前に購入し、契約書が見つからない場合は、売却価格の5％を取得費とすることができます。たとえば3,000万円で売却した土地の取得費が不明なら、取得費は150万円で、譲渡所得は約2,850万円−譲渡費用となり、税額は約570万円（長期）になります。実際の購入額が分かれば大きく下がることが多いため、契約書・領収書・登記簿の抵当権の記録（借入額から推定）・購入時のパンフレット・分譲価格表など、取得費を示せる資料を探すことが最初の作業です。

税率は、長期譲渡所得で所得税15.315％（復興特別所得税を含む）＋住民税5％＝20.315％、短期譲渡所得で所得税30.63％＋住民税9％＝39.63％です。給与や事業の所得とは分けて計算（分離課税）します。

相続税の取得費加算申告期限から3年以内の売却

相続税を納めた方が、相続した不動産を相続税の申告期限の翌日から3年以内（相続開始から3年10か月以内）に売却した場合、納めた相続税のうちその不動産に対応する部分を取得費に加算できます（租税特別措置法39条）。相続税と所得税の二重の負担を調整する制度です。

• 加算できる金額：その相続人が納めた相続税額 × （売却した不動産の相続税評価額 ÷ その相続人が相続した財産の合計額（債務控除前））。たとえば相続税を600万円納めた相続人が、相続財産6,000万円のうち評価額3,000万円の土地を売却した場合、600万円×3,000万円÷6,000万円＝300万円を取得費に加算でき、譲渡所得が300万円減り、税額が約61万円（長期）減ります。
• 要件：①相続または遺贈で財産を取得した人であること、②その人に相続税が課税されていること（相続税がゼロの人は使えない）、③相続税の申告期限の翌日から3年以内に売却すること。
• 手続き：売却した年の確定申告書に「相続財産の取得費に加算される相続税の計算明細書」と相続税申告書の写しを添付します。
• 相続税の申告前に売却した場合：売却が相続税の申告期限前でも適用できます。相続税の申告書を提出した後に、所得税の確定申告（または更正の請求）で加算します。
• 空き家特例との関係：同じ不動産について、取得費加算と次に説明する空き家の3,000万円特別控除は併用できず、どちらか一方を選びます。

被相続人の居住用財産（空き家）の3,000万円特別控除の要件

被相続人が一人で住んでいた家屋とその敷地を相続した人が、一定の要件を満たして売却した場合、譲渡所得から最高3,000万円を控除できます（租税特別措置法35条3項）。相続人が住んでいなくても使える点が、通常の居住用財産の3,000万円特別控除との違いです。

仮定例：被相続人が一人で住んでいた旧耐震の実家（取得費不明）を、相続した子2人が共有で4,000万円で売却し、取壊し費用200万円・仲介手数料130万円がかかった場合。譲渡所得は4,000万円−200万円（概算取得費5％）−330万円＝3,470万円で、2人で均等に分けるとそれぞれ1,735万円。空き家特例で各3,000万円まで控除できるため、2人とも譲渡所得はゼロになり、所得税・住民税はかかりません（確定申告は必要です）。特例を使わなければ、約705万円（3,470万円×20.315％）の税額になる計算です。

売却時期の選び方相続税申告との前後・取得費加算と空き家特例の選択

相続した不動産をいつ売るかは、次の観点で決めます。

実務では、①相続税の申告が必要か・いくらかを確定させ、②取得費の資料を探し、③空き家特例の要件（建築年・居住状況・耐震か取壊し）を確認し、④取得費加算との比較をしたうえで、売却時期と売り方（取壊しの有無・共有か単独か）を決める、という順序になります。遺産分割協議書の作り方は「遺産分割協議書の作り方」で解説しています。

確定申告の必要書類と時期

売却した年の翌年2月16日から3月15日までに、売却した相続人それぞれが所得税の確定申告をします。特例を使って税額がゼロになる場合も、申告が適用の条件です。

• 共通：確定申告書（分離課税用）、譲渡所得の内訳書、売買契約書（売却時）の写し、仲介手数料・印紙・測量・取壊しなど譲渡費用の領収書、売却した不動産の登記事項証明書。
• 取得費の資料：被相続人の購入時の売買契約書・領収書、建築請負契約書、購入時の仲介手数料・登記費用の領収書、相続登記の費用の領収書。見つからない場合は概算取得費（5％）か、合理的な推定の資料。
• 取得費加算を使う場合：相続税申告書の写し、「相続財産の取得費に加算される相続税の計算明細書」。
• 空き家特例を使う場合：被相続人居住用家屋等確認書（家屋の所在地の市区町村に申請して交付を受ける。被相続人の住民票の除票、相続人の住民票、売買契約書、電気・ガスの閉栓証明や空き家であったことを示す資料、取壊しの場合は閉鎖事項証明書などを添えて申請）、耐震基準適合証明書または建設住宅性能評価書の写し（耐震改修して売った場合）、譲渡所得の内訳書、登記事項証明書（建築年月日の確認）。
• 横浜市の場合：被相続人居住用家屋等確認書は横浜市の担当課に申請します。交付まで日数がかかるため、売却後すみやかに申請してください。

売却の翌年度には住民税・国民健康保険料が変わる可能性があるため、売却代金を全額使う前に、税金と翌年の保険料の増加分を取り分けておくことをおすすめします（「不動産を売却したときの確定申告」参照）。当事務所の相続税申告サポートでは、相続税申告の段階で売却の予定を伺い、取得費加算と空き家特例の比較、売却時期の助言、売却後の確定申告までを一貫して対応しています。

執筆者紹介

岩本隆一税理士事務所
代表税理士・行政書士
岩本 隆一Ryuichi Iwamoto

準大手税理士法人で多くの実務を経験後、横浜市西区で独立。「経営者の孤独と本音に寄り添うパートナー」を信条に、代表自らが直接対応します。IT（クラウド会計・LINE）を活用して業務を進めます。土日祝・夜間の対応は事前予約制です。横浜F・マリノスを愛する生粋の横浜っ子です