宗教法人の帳簿と所轄庁への提出書類｜財産目録・収支計算書・事業報告書と保存期間

横浜市で宗教法人の税務サポートを行っている、岩本隆一税理士事務所の代表、岩本隆一です。

「所轄庁に毎年何を出すのか」「帳簿はどこまで作る必要があるのか」「先代が亡くなり、何を引き継げばよいか分からない」――代替わりしたばかりの住職・宮司や、新しく事務を担当することになった責任役員の方からのご相談です。宗教法人には、税務とは別に、宗教法人法に基づく書類の作成・備付け・所轄庁への提出義務があります。税務署に申告がなくても、所轄庁（神奈川県または文部科学大臣）への提出は毎年必要で、怠ると過料の対象です。

この記事では、宗教法人法に基づく備付け書類と所轄庁への提出（会計年度終了後4か月以内）、収支計算書の作成が必要な法人の範囲と様式、税務上の帳簿（収益事業の区分経理・源泉徴収簿）と保存期間、代替わり・役員交代時に引き継ぐ資料一覧、提出漏れ・遅延があった場合の対応を解説します。本記事は2026年11月6日時点の宗教法人法（第25条・第88条）、神奈川県の案内（2026年10月更新）、法人税法・所得税法に基づいています。日々の会計の分け方は「宗教法人の会計と住職個人の生活費の分け方」で解説しているため、本記事は「作る書類・出す書類・残す書類」に絞ります。

宗教法人法に基づく備付け書類と所轄庁への提出（会計年度終了後4か月以内）

宗教法人法第25条は、宗教法人に次の書類を事務所に備え付けることを義務づけ、そのうち一定の書類の写しを毎会計年度終了後4か月以内に所轄庁へ提出することとしています（1995年の法改正で導入）。

神奈川県内に事務所がある宗教法人（他の都道府県に境内建物がない法人）の所轄庁は神奈川県知事で、提出先は県の総務局組織人材部文書課（公益・宗教法人グループ）です。電子申請（e-KANAGAWA）または郵送で提出でき、2026年11月6日時点の案内では、表紙・役員名簿・財産目録・収支計算書（該当する場合）・貸借対照表（作成している場合）・境内建物に関する書類（該当する場合）・事業に関する書類（事業を行っている場合）を提出します。他の都道府県にも境内建物がある法人は、文部科学大臣が所轄庁です。会計年度が4月〜3月なら提出期限は7月末、1月〜12月なら4月末です。

収支計算書の作成が必要な法人の範囲と様式

財産目録は全ての宗教法人が毎年作成しますが、収支計算書は次のいずれかに当たる法人が作成します（宗教法人法第25条第2項・施行規則）。

• 年間収入が8,000万円を超える法人：お布施・寄附金・事業収入などを合わせた1年間の収入で判定します。
• 公益事業以外の事業（収益事業）を行っている法人：駐車場業・不動産貸付業・物品販売業などの収益事業を行っていれば、収入の額にかかわらず作成します。
• 上の2つに当たらなくても、実際に作成している法人：作成した場合は備付けと提出の対象になります。

年間収入8,000万円以下で収益事業を行っていない法人は、法律上は収支計算書の作成義務がありません。ただし、責任役員会・檀信徒総会への報告、金融機関への説明、代替わり時の引き継ぎのために、簡易なものでも作成しておくことをおすすめします。収支計算書の様式は法令で定められていませんが、文化庁「宗教法人運営のガイドブック」に参考様式があり、一般に「収入の部（宗教活動収入・事業収入・寄附金収入・雑収入）」「支出の部（宗教活動費・人件費・管理費・事業費・資産取得支出）」「当期収支差額・前期繰越・次期繰越」の形で、資金の動き（現金・預金の増減）を示すものです。収益事業がある法人は、宗教活動の会計と収益事業の会計を区分し、収益事業については法人税の申告に用いる損益計算書・貸借対照表を別に作成します（区分の方法は「宗教法人の収益事業34業種」参照）。

税務上の帳簿収益事業の区分経理・源泉徴収簿と保存期間

宗教法人法の書類とは別に、税務上は次の帳簿と書類の作成・保存が必要です。

税務上の保存期間の考え方（7年・10年・電子取引）は「帳簿・領収書は何年保存する？」で解説しています。宗教法人法には備付け書類の保存年限の明文はありませんが、備付け義務は継続するため、過年度の財産目録・収支計算書・役員名簿・議事録は捨てずに保管します。

国税不服審判所の裁決事例：神社部門の初穂料が特定収入とされた例

国税不服審判所の平成24年2月7日裁決は、神社のほかに結婚式場などの事業を営む宗教法人が、収益事業部門（結婚式場等）と非収益事業部門（神社）の収支を区分経理し、収益事業部門の収支だけで消費税を申告していた事案です。税務署は両部門の収支を合算し、神社部門の初穂料などを特定収入として仕入税額控除を調整しました。

審判所は、初穂料などは法令や交付要綱で使途が拘束されず、法人が自ら使い道を選べる収入なので、厳密に区分経理していても特定収入から除かれないと判断しました。法人税の区分経理とは別に、消費税は宗教活動の部門も含めた法人全体で計算されるため、宗教活動側の帳簿も整えておく必要があることを示す例です。

出典：国税不服審判所 平成24年2月7日裁決（裁決事例集No.86）

代替わり・役員交代時に引き継ぐ資料一覧

住職・宮司の代替わりや責任役員の交代で最も困るのは、「何がどこにあるか分からない」状態です。次の一覧を、年に1回の提出時に保管場所とともに更新しておくと、引き継ぎがそのまま完了します。

引き継ぎの機会は、法人の運営を見直す機会でもあります。先代の時代に始まった駐車場貸付けや物販が収益事業の申告をしていなかった、住職個人の口座に法人の収入が入っていた、といった問題は代替わりで発覚することが多く、気づいた時点で整理と期限後申告をするのが、その後の運営を安定させる最短の道です。

提出漏れ・遅延があった場合の対応

• 所轄庁への提出を忘れていた・遅れた：気づいた時点で速やかに提出します。宗教法人法第88条は、備付け書類を備えず、提出せず、または不実の記載をした場合に、代表役員・代務者等に10万円以下の過料を定めていますが、実務上はまず所轄庁から督促・提出依頼が届くことが多く、連絡を受けたら放置せず提出します。数年分未提出の場合は、各年度の書類を作成してまとめて提出します（作成できない年度は所轄庁に相談）。
• 財産目録・収支計算書を作っていなかった：通帳・領収書・登記簿から年度末の財産目録を復元し、作成義務がある法人は収支計算書も作成します。過年度分は「作成時点で判明している資料に基づく」旨を注記しておきます。
• 役員の変更登記・名簿の更新を忘れていた：代表役員の変更登記は法務局で行います（登記の期限を過ぎていても登記は可能）。役員名簿を現状に合わせて更新し、次回の提出に反映します。
• 収益事業の申告をしていなかった：宗教法人法の提出とは別に、税務署への期限後申告が必要です。収益事業の有無の判定、過去分の所得計算、加算税・延滞税の見込みを税理士に確認し、事業開始届出書と申告書を提出します。
• 再発防止：会計年度終了→3か月以内に財産目録・収支計算書を作成→責任役員会で承認→4か月以内に所轄庁へ提出、という年間スケジュールを事務処理簿に書き、担当者と予備の担当者を決めます。税務（源泉所得税の納付・法人税・消費税）の期限も同じ表に入れると、一枚で法人の年間義務が見渡せます。

当事務所の宗教法人の税務サポートでは、収益事業の判定と法人税・消費税の申告、源泉徴収・年末調整に加え、財産目録・収支計算書の作成支援と所轄庁提出書類の整備、代替わり時の資料の棚卸しを承っています。宗教法人法上の認証・登記の手続きそのものは、必要に応じて行政書士・司法書士と連携します。

執筆者紹介

岩本隆一税理士事務所
代表税理士・行政書士
岩本 隆一Ryuichi Iwamoto

準大手税理士法人で多くの実務を経験後、横浜市西区で独立。「経営者の孤独と本音に寄り添うパートナー」を信条に、代表自らが直接対応します。IT（クラウド会計・LINE）を活用して業務を進めます。土日祝・夜間の対応は事前予約制です。横浜F・マリノスを愛する生粋の横浜っ子です