宗教法人の消費税｜課税・非課税・不課税の区分と特定収入による仕入税額控除の調整

横浜市で宗教法人の税務サポートを行っている、岩本隆一税理士事務所の代表、岩本隆一です。

「お布施に消費税はかかるのか」「駐車場や物販の収入が増えてきたが、消費税の申告は必要か」「寄附金や補助金があると計算が変わると聞いた」――寺院・神社・教会の会計担当の方からのご相談です。宗教法人の消費税は、お布施・戒名料・玉串料など宗教活動の収入が「不課税」である一方、物品販売・駐車場・不動産賃貸・拝観料などは「課税」、墳墓地の貸付けは「非課税」と、収入ごとに3つの区分が混在します。さらに、課税事業者になった場合には、お布施や寄附金という「特定収入」があることで仕入税額控除の計算に調整が入るという、宗教法人や公益法人に特有の論点があります。

この記事では、宗教法人の収入の課税・非課税・不課税の区分、納税義務の判定（課税売上高1,000万円）とインボイス登録の要否、特定収入がある場合の仕入税額控除の調整（特定収入割合5%超）、簡易課税の事業区分と有利判定、帳簿の課税区分の付け方と年1回の確認を解説します。本記事は2026年11月6日時点の消費税法（第6条・別表第二・第60条）、国税庁「令和8年版 宗教法人の税務」および令和8年度税制改正に基づいています。法人税の収益事業の区分は「宗教法人の収益事業34業種」で解説しているため、本記事は消費税に絞ります。

宗教法人の収入の課税・非課税・不課税の区分

消費税は「事業者が事業として対価を得て行う資産の譲渡・貸付け・役務の提供」にかかります。宗教法人も消費税法上の事業者で、収入はこの要件に当たるかどうかで3つに分かれます。

法人税の収益事業の判定と消費税の判定は、重なる部分が多いものの、異なる点があります。たとえば拝観料は、法人税では宗教活動の一部として収益事業に該当しないとされていますが、消費税では施設を観覧させる対価として課税の対象です。逆に、檀家への駐車場の貸付けは法人税で収益事業になることがありますが、消費税でも課税売上です。お守り等の頒布は、法人税・消費税とも「実質が喜捨金かどうか」で判定します（高額な品や、仕入値との差が通常の販売利益と変わらないものは課税）。収入ごとに「対価性があるか」「別表第二の非課税に当たるか」を順に見ます。駐車場収入の区分は「宗教法人の駐車場収入の税務」、収入全体の区分は「宗教法人の収入の非課税と課税の区分」をご覧ください。

国税不服審判所の裁決事例：檀家以外への会館の利用料が課税とされた例

国税不服審判所の平成25年1月22日裁決は、寺院（宗教法人）が境内の会館を、檀家以外の人の通夜・葬儀・告別式などの会場として利用させ、利用料を受け取っていた事案です。寺院の僧侶が出仕しない利用について、税務署は法人税の収益事業（席貸業）に当たり、消費税の課税対象にもなるとして課税処分をしました。

審判所は、法人が行う資産の貸付けはすべて「事業として」行うものに当たり、この利用料は会館を利用させた対価で喜捨の性格はないとして、消費税の課税対象と判断し、法人税とあわせて処分を適法としました。領収証に「会館使用布施」と書いていても結論は変わらないとされています。収入の名目ではなく、誰から何の対価として受け取ったかで区分する必要があることを示す例です。

出典：国税不服審判所 平成25年1月22日裁決（裁決事例集No.90）

納税義務の判定とインボイス登録の要否

免税事業者（課税売上高1,000万円以下で登録していない）の間は、課税収入があっても申告の義務はありません。ただし、物販・駐車場・会館貸付けの収入が増えて1,000万円に近づく法人は、毎年の決算で課税売上高を集計し、超えた事業年度の2年後から申告が必要になることを把握しておきます。インボイス登録の判断の考え方は、管理組合向けに「管理組合の消費税とインボイス」で整理した内容がそのまま当てはまります（取引先の控除は経過措置で2026年10月〜2028年9月は70%、以後50%→30%と縮小し2031年9月で終了）。

特定収入がある場合の仕入税額控除の調整（特定収入割合5%超）

課税事業者になった宗教法人が一般課税（本則課税）で申告する場合、国・地方公共団体・公益法人等と同じく「特定収入に係る仕入税額控除の特例」（消費税法第60条第4項）の対象になります。これが宗教法人の消費税で最も見落とされやすい論点です。

• 特定収入とは：資産の譲渡等の対価以外の収入のうち、借入金・出資・預り金・通常の貸付金の返済などを除いたもの。宗教法人では、お布施・戒名料・玉串料・祈祷料・お賽銭・寄附金・補助金・会費など、不課税収入のほとんどが特定収入になります。
• 特定収入割合：特定収入÷（課税売上高（税抜）＋非課税売上高＋免税売上高＋特定収入）。この割合が5%を超えると調整が必要です。お布施が収入の中心である宗教法人は、ほぼ確実に5%を超えます。
• 調整の内容：特定収入で賄った課税仕入れ（本堂の修繕・備品・光熱費など）に含まれる消費税は、仕入税額控除から除かれます。使途が特定されていない特定収入（お布施など）については、課税仕入れの税額に「調整割合」（特定収入÷（資産の譲渡等の対価＋特定収入））を掛けた額を控除額から差し引きます。使途が特定された特定収入（本堂建設のための寄附金など）は、その課税仕入れの税額を直接控除から除きます。
• 結果：お布施の割合が大きい法人では、課税仕入れの消費税の大部分が控除できず、納税額は「売上税額に近い額」になります。本堂の建替えなど大きな課税仕入れがあっても、寄附金・お布施で賄った部分の消費税は還付されません。

仮定例（概算・墳墓地収入は別と仮定）：課税売上が年1,200万円（税込。檀家以外への駐車場600万円・物販200万円・拝観料400万円）、お布施等の不課税収入が年3,000万円、課税仕入れが年1,100万円（税込）の寺院。売上の消費税額は約109万円、課税仕入れの消費税額は約100万円です。

この仮定例では、簡易課税のほうが納税額が少なく、特定収入の調整計算も不要になります。一般課税で「調整なし」の計算をすると約9万円という誤った納税額になり、税務調査で指摘されると差額に加算税・延滞税がかかるため、宗教法人の消費税申告では、特定収入の調整の有無を必ず確認します。墳墓地の貸付け（非課税売上）が多い法人は、課税売上割合が95%未満になり、課税仕入れを「課税売上対応」「非課税売上対応」「共通」に区分する個別対応方式か、一括比例配分方式の選択も必要になります。同じ仕組みを介護事業で解説した「社会福祉法人の消費税と特定収入」もご参照ください。

簡易課税の事業区分と有利判定

基準期間の課税売上高が5,000万円以下の法人は、「簡易課税制度選択届出書」を適用したい課税期間の初日の前日までに提出すると、簡易課税を選べます（2年間継続）。宗教法人の課税収入の事業区分は次のとおりです。

2種類以上の事業がある場合は、課税売上を事業ごとに区分して計算します（区分していない場合は最も低いみなし仕入率が適用されます）。1種類の事業の課税売上が全体の75%以上なら、その事業のみなし仕入率を全体に使える特例もあります。有利判定の目安は、「課税仕入れ（税込）÷課税売上（税込）」が、収入構成に応じたみなし仕入率より小さければ簡易課税が有利、です。宗教法人は特定収入の調整で一般課税の控除が大きく削られるため、課税仕入れの割合が高く見えても簡易課税が有利になることが多く、本堂の大規模修繕など大きな課税仕入れが予定されている年度でも、その課税仕入れをお布施・寄附金で賄うなら一般課税の有利性はほとんど出ません。なお、2割特例は免税事業者がインボイス登録で課税事業者になった場合に2026年9月30日の属する課税期間まで使え、2027年分以降の「3割特例」は個人事業者が対象で宗教法人は対象外と考えられます（「3割特例とは」参照）。

帳簿の課税区分の付け方と年1回の確認

消費税の申告を正確にするには、日々の帳簿で収入と支出に課税区分を付けておくことが前提です。免税事業者の間も、課税売上高の集計のために収入の区分は必要です。

• 収入科目を課税区分ごとに分ける：「お布施・祈祷料（不課税）」「寄附金（不課税）」「墳墓地永代使用料（非課税）」「墓地管理料（課税）」「物品頒布（不課税：お守り等）」「物品販売（課税：線香・書籍等）」「拝観料（課税）」「駐車場収入（課税）」「貸室・会館収入（課税）」のように、科目名の段階で区分が分かるようにします。会計ソフトでは科目ごとに税区分の初期値を設定します。
• 支出は使途と対応で区分する：課税仕入れ（修繕費・消耗品・光熱費・委託料など）と、不課税・非課税の支出（給与、法定福利費、保険料、租税公課、寄附、支払利息）を分けます。一般課税を選ぶ法人は、課税仕入れを「課税売上対応・非課税売上対応・共通対応」に区分し、特定収入のうち使途が特定されたもの（本堂建設寄附など）に対応する仕入れを把握します。
• インボイスの保存：課税事業者（一般課税）は、課税仕入れについて登録番号の記載された請求書・領収書の保存が必要です。免税事業者からの仕入れは経過措置の割合（2026年10月〜70%）で控除し、帳簿にその旨を記載します。簡易課税なら仕入側のインボイスは不要です。
• 年1回の確認（決算時）：①課税売上高の合計（1,000万円・5,000万円の判定）、②特定収入割合（5%判定）、③簡易課税の届出の有無と期限（翌期から適用したいなら期末までに提出）、④インボイス登録の要否（取引先からの要請）、⑤源泉徴収・法人税の申告と合わせた申告期限（事業年度終了後2か月以内）。この5点を決算のチェック項目に入れ、責任役員会で確認します。
• 住職・宮司の個人と法人の区分：個人への給与・法人の経費・個人の生活費が混在していると、課税仕入れの判定も崩れます。区分の考え方は「宗教法人の会計と住職個人の生活費の分け方」をご覧ください。

当事務所の宗教法人の税務サポートでは、収入の課税区分の整理、課税売上高の判定、簡易課税・一般課税の有利判定、特定収入の調整を含む消費税申告、法人税・源泉所得税との一体管理を行っています。墓地・納骨堂・永代供養の収入の扱いは「墓地・永代供養・納骨堂の収入の税務」で詳しく解説します。

執筆者紹介

岩本隆一税理士事務所
代表税理士・行政書士
岩本 隆一Ryuichi Iwamoto

準大手税理士法人で多くの実務を経験後、横浜市西区で独立。「経営者の孤独と本音に寄り添うパートナー」を信条に、代表自らが直接対応します。IT（クラウド会計・LINE）を活用して業務を進めます。土日祝・夜間の対応は事前予約制です。横浜F・マリノスを愛する生粋の横浜っ子です