税務調査で税理士が代理人として行うこと｜税務代理権限証書・調査官対応の範囲・納税者本人が答える場面

横浜市で税務調査の立会い・対応サポートを行っている、岩本隆一税理士事務所の代表、岩本隆一です。

「税理士に立会いを頼むと、具体的に何をしてくれるのか」「調査官の質問には税理士が答えてくれるのか、自分も答えるのか」「全部任せてしまってよいのか」――税務調査の連絡を受けて税理士への依頼を検討している方から、必ずと言ってよいほど受けるご質問です。税理士が調査で行えることは税理士法で決まっており、「できること」と「納税者本人でなければできないこと」の境目を知っておくと、当日の役割分担が明確になり、調査がスムーズに進みます。

この記事では、税理士法2条が定める税務代理・税務書類の作成・税務相談の範囲、税務代理権限証書と「調査の通知に関する同意」「代表する代理人」の記載の意味、調査当日の役割分担（事実関係は納税者、法令解釈・主張は税理士）、税理士が同席しても納税者本人が答える必要がある場面、調査後（修正申告・更正・不服申立て）で税理士が行うことを解説します。本記事は2026年11月6日時点の税理士法・国税通則法と国税庁の税務代理権限証書の様式に基づいています。事前通知の内容と日程調整は「税務調査の事前通知で伝えられる項目」、依頼のタイミングと費用は「税務調査の連絡が来たら税理士にいつ依頼する？」をご覧ください。

税理士が行える業務の範囲税務代理・税務書類の作成・税務相談（税理士法2条）

税理士法2条1項は、税理士の業務を次の3つと定めています。これらは税理士（税理士法人）の独占業務で、資格のない人が有償・無償を問わず業として行うことはできません。

税務代理のうち調査に関する部分が「立会い」です。税理士は納税者の代理人として、調査官に対して納税者の立場から事実の説明と法令上の主張を行い、調査官の指摘に反論し、修正申告の内容を協議します。一方で、税理士は納税者の代わりに「事実を作る」ことはできません。実際に行った取引の経緯や、現金の管理の実態、ある支出が事業のためか個人のためかといった事実は納税者本人しか知らないため、ここは本人が答える領域になります（後述）。

国税不服審判所の公表裁決：税理士でない第三者の立会いを求めた事例

令和3年6月23日の裁決は、税務調査に税理士資格のない第三者4名を立会人として同席させた個人事業者の事案です。調査担当職員は守秘義務を理由に、立会人がいない状態で帳簿書類を見せるよう繰り返し求めましたが、事業者は応じず、税務署は取引先の調査をもとに推計で所得を計算し、消費税の仕入税額控除も認めずに更正処分をしました。

審判所は、税理士資格のない第三者の同席を認めなければならない法令の規定はなく、退席を求めたことには合理的な理由があるとして、推計の必要性と仕入税額控除を認めない判断を支持しました（1年分は推計の計算を見直して一部取消し）。立会いを頼む相手が税務代理のできる税理士かどうかは、事前に確認しておきたい点です。

出典：国税不服審判所「令和3年6月23日裁決」

税務代理権限証書と「調査の通知」「代表する代理人」「意見聴取」の記載の意味

税理士が税務代理をするときは、委任を受けていることを示す「税務代理権限証書」を税務署に提出します（税理士法30条）。申告書に添付するか、調査が決まってから単独で提出します。様式には調査に関係する次の欄があります。

• 調査の通知に関する同意：この欄に同意の記載があると、調査の事前通知は税理士に対して行えば足りることになります（国税通則法74条の9第5項）。税務署からの最初の電話が税理士に入り、納税者は税理士経由で連絡を受けます。記載がない場合は、納税者本人と税理士の双方に通知されます。
• 代理人が複数ある場合の代表する代理人の定め：複数の税理士に委任している場合、代表する税理士を定めておくと、通知や調査終了時の説明はその税理士に対して行えば足ります。
• 調査終了時の説明：調査の結果（更正決定等をすべきと認める場合の説明、修正申告の勧奨）は納税者本人に対して行われますが、納税者の同意があれば税理士に対して行うこともできます（国税通則法74条の11第5項）。実務では税務代理権限証書の提出に加え、調査の過程で税理士への説明に同意する形がとられます。
• 書面添付と意見聴取：税理士が申告書に「計算事項等を記載した書面」（税理士法33条の2）を添付している場合、税務署は調査の事前通知を行う前に、その税理士に意見を述べる機会を与えなければなりません（税理士法35条）。意見聴取で疑問点が解消すれば、実地調査が省略されることもあります。書面添付は申告書に添付して提出する制度で、書面だけを後から提出できるのはその申告書の法定申告期限内に限られるため、調査の連絡が来てから過去の申告書に付けることはできません。

税務代理権限証書は、調査の対象となる税目・年分を記載して委任の範囲を示します。調査の途中で対象税目が追加された場合（源泉所得税・印紙税など）は、委任の範囲を追加する手続きをとります。

調査当日の役割分担事実関係は納税者、法令解釈・主張は税理士

調査当日、税理士が同席していても、質問への回答は「誰が答えるべき内容か」で分かれます。一般的な分担は次のとおりです。

税理士の役割を一言で言えば、「本人が事実を正確に伝えられるように整え、法令の解釈と主張を引き受け、調査官とのやりとりを整理すること」です。具体的には、①調査前に論点と資料を整理し、本人が答えるべき事実の確認（予行練習）を行う、②当日は質問の意図を本人に補足し、事実と異なる方向に話が進んだら軌道を戻す、③調査官の指摘に対して法令上の根拠を示して反論する、④調査官の口頭の指摘を書面やメモで整理し、本人と対応方針を協議する、という動きになります。

注意したいのは、税理士が本人の代わりに事実を「推測で」答えることはできない点です。本人が知らない・覚えていない事実は「確認して回答します」とし、その場で曖昧に答えないことが重要です。当事務所の税務調査サポートでは、調査前の予行練習を2回行い、本人が答える事実と税理士が引き受ける論点を分けておく進め方をとっています。

税理士が同席しても納税者本人が答える必要がある場面

「全部任せたい」というご希望は多いのですが、次の場面は本人の対応が必要です。

• 調査初日の概況の聞き取り：事業の内容、創業の経緯、従業員の構成、取引先、1日の業務の流れ、売上と仕入の流れ、現金の管理などを、調査官は本人から聞きます。通常は初日の午前中に1〜2時間程度で、ここで事業の実態を把握します。調査官は本人に質問することができるため（国税通則法74条の2）、本人が不在で税理士だけが説明する形にしたい場合は、事前に調査官と協議してください。
• 事実関係の確認：特定の取引や支出について「これは何ですか」「誰と」「なぜ」と聞かれたとき。本人の記憶に基づく回答が求められます。資料を見て確認したうえで答えて構いません。
• 現金・現物の実査：レジや金庫の現金、在庫、店舗や事務所の状況の確認には、本人（または責任者）の立会いが必要です。
• 質問応答記録書：調査官が本人の回答を文書にまとめ、署名を求めることがあります。署名するかどうか、記載内容を修正するかは本人の判断で、税理士は内容の確認と助言を行います。
• 修正申告に応じるか、争うかの最終判断：調査の結果、修正申告の勧奨を受けたとき、応じるか、更正処分を受けて不服申立てをするかは本人が決めます。税理士は見込みとリスクを説明します。

一方、本人が常に同席する必要はありません。初日の聞き取りと実査が終わった後の帳簿の精査（2日目以降や、資料を税理士事務所で確認する場合）は、税理士だけで対応し、必要なときに本人に確認する形が一般的です。本人の時間を最小限にしつつ、事実の確認には本人が応じる、という組み合わせになります。

調査後に税理士が行うこと修正申告・更正・不服申立て

実地調査が終わると、税務署は調査結果を説明します（国税通則法74条の11）。申告に誤りがなければ「更正決定等をすべきと認められない旨の通知書」が送られ、誤りがある場合は指摘内容（金額・理由）の説明と、修正申告の勧奨が行われます。この段階以降で税理士が行うことは次のとおりです。

• 指摘内容の検証：調査官の指摘が事実と法令に照らして妥当か、金額の計算が正しいか、加算税の区分（過少申告加算税か重加算税か）が適切かを確認します。重加算税の指摘に対しては、仮装・隠蔽の事実がないことを主張する場面が多くあります（「重加算税の基準」参照）。
• 修正申告書の作成・提出：指摘に納得して修正申告をする場合、税理士が修正申告書を作成し、代理で提出します。修正申告をすると、その内容について不服申立てはできなくなるため（更正の請求は可能）、提出前に内容を本人と確認します。地方税・消費税への影響も同時に整理します（「所得税を修正申告したら住民税・国保はどうなる？」参照）。
• 更正処分への対応：修正申告に応じない場合、税務署が更正処分を行います。処分の内容を確認し、納得できなければ再調査の請求（税務署長に対して、処分を知った日の翌日から3か月以内）または国税不服審判所への審査請求を行います。これらの手続きも税務代理の範囲で、税理士が代理人として書面の作成・主張を行います（「税務調査の結果に納得できないときは」参照）。
• 納税と加算税・延滞税の確認：修正申告による本税の納付期限は提出日です。加算税・延滞税の通知が届いたら、計算を確認します。一時に納付できない場合の猶予の申請も税理士が行えます。
• 再発防止の経理ルール：指摘された項目を翌期以降の経理ルールに落とし込みます。進め方は「税務調査後の再発防止」で解説します。

調査の終了時の説明は、納税者の同意があれば税理士に対して行われます。説明の場に本人が同席できなくても、税理士が内容を確認して本人に報告し、対応方針を協議する流れになります。

執筆者紹介

岩本隆一税理士事務所
代表税理士・行政書士
岩本 隆一Ryuichi Iwamoto

準大手税理士法人で多くの実務を経験後、横浜市西区で独立。「経営者の孤独と本音に寄り添うパートナー」を信条に、代表自らが直接対応します。IT（クラウド会計・LINE）を活用して業務を進めます。土日祝・夜間の対応は事前予約制です。横浜F・マリノスを愛する生粋の横浜っ子です