宗教法人に税務調査は来る？頻度・過去帳は見られるのか・事前に整えておく帳簿と対応

更新日：2026年11月7日

この記事の要点

• お布施や初穂料など宗教活動の収入に法人税はかかりませんが、源泉所得税・消費税・収益事業の法人税は宗教法人にも課されるため、税務調査の対象にはなります。
• 国税庁の統計では、収益事業の申告義務がある公益法人等44,212法人（うち宗教法人13,798法人）に対し、令和6事務年度の法人税の実地調査は325件でした。宗教法人だけの調査件数は公表されていません。
• 国税庁は「宗教法人のように個人の信教に関する情報を保有している場合」でも、調査に必要と判断すれば承諾を得て帳簿書類の提示を求めることがあると説明しています。過去帳を見せるかどうかの前に、お布施の受入記録と法人・個人の区分を帳簿で示せるようにしておくことが大切です。
• 調査の事前通知は原則として電話で届きます。法要や祭事と重なる場合は日時の変更を協議でき、税理士に立会いを依頼することもできます。

横浜市で宗教法人の会計・税務相談を行っている岩本隆一税理士事務所です。住職・宮司の方から「うちのような小さな寺にも税務調査は来るのか」「過去帳まで見られるのか」「調査の電話が来たが何を用意すればよいのか」というご相談をいただくことがあります。この記事では、調査が入る理由、公表統計から分かる頻度、過去帳やお布施の記録がどこまで確認されるのか、整えておく帳簿、当日の対応と税理士の立会いを、2026年11月7日時点の法令と国税庁の公表資料に基づいて整理します。全国の寺院・神社・教会に共通する内容です。

1. 宗教法人に税務調査が入る理由　宗教活動の収入が非課税でも対象になる

宗教法人は法人税法上の「公益法人等」に当たり、法人税が課されるのは収益事業から生じた所得だけです。お布施、戒名料、初穂料、玉串料など宗教活動そのものの収入に法人税はかかりません。それでも調査の対象になるのは、宗教法人にも次の納税義務があるからです。

出典：国税庁「令和8年版 宗教法人の税務」1・12〜18ページ。本文の説明を表にまとめたものです。

収益事業のない寺院・神社でも、給与を払っていれば源泉所得税の調査対象になり、お布施と住職個人の生活費が混ざっていれば「法人から住職への給与」として問題になります。収入ごとの課税・非課税は「宗教法人の収入はすべて非課税？」と「宗教法人の収益事業34業種」で解説しています。

例（仮定）：境内の一角を月極駐車場として貸しているが、収益事業開始等届出書を出さず法人税の申告もしていない。駐車場業は収益事業なので、契約書と入金記録から所得が計算され、過去の事業年度分も含めて申告を求められる可能性があります。

2. 税務調査の頻度と、選ばれやすい宗教法人の特徴

国税庁の公表統計で分かる範囲

国税庁が毎年公表する「法人税等の調査事績の概要」には、参考計表として公益法人等（宗教法人や学校法人など）の調査事績が載っています。令和6事務年度（令和6年7月〜令和7年6月）の数字は次のとおりです。

出典：国税庁「令和6事務年度 法人税等の調査事績の概要」Ⅲ参考計表（4 公益法人等の調査事績）別表1・2・4・5。

この統計から言えるのは次の3点です。

• 宗教法人だけの調査件数は公表されていません。 法人数の内訳はありますが、調査件数は公益法人等の合計だけです。
• 公益法人等全体では、申告義務のある法人のうち法人税の実地調査を受けたのは年間0.7%程度、源泉徴収義務者のうち源泉所得税の実地調査を受けたのは2%程度という計算になります。「毎年来る」ものではありませんが、「宗教法人だから来ない」とも言えません。
• 源泉所得税の調査は法人税の約10倍の件数があり、非違割合も約7割です。宗教法人の調査では、給与・謝礼・経済的利益の源泉所得税で指摘を受けることが多いと考えられます。

なお、文化庁の資料では令和6年12月31日現在の宗教法人数は178,537法人で、大半の宗教法人は法人税の申告をしていません。だからこそ、収益事業に当たる活動を始めたときの申告漏れには注意が必要です。

選ばれやすい法人の特徴（公表された選定基準はありません）

国税庁は調査先の選定基準を公表しておらず、申告書や資料情報の分析にAIも活用して「調査必要度の高い法人」を抽出すると説明しています。実務上、調査につながりやすいと考えられる状況は次のとおりです。

• 駐車場・不動産貸付・物品販売などを行っているのに、収益事業開始等届出書や法人税の申告がない
• 不動産登記、賃貸借契約、取引先の支払調書などの資料情報と、申告内容が一致しない
• 職員がいるのに源泉所得税の納付実績がなく、年末調整や法定調書の提出もない
• 代替わり、本堂の改修、墓地の造成、土地の売却など、資金の動きが大きい出来事があった

実地調査のほかに、文書や電話で申告内容の見直しを求める「簡易な接触」もあります。

3. 過去帳・お布施の記録はどこまで見られるか

調査官の権限と、国税庁の「信教に関する情報」の説明

税務調査は国税通則法74条の2の質問検査権に基づき、調査官は調査に必要があるときに納税者に質問し、「その者の事業に関する帳簿書類その他の物件」の検査や提示・提出を求めることができます。この権限は犯罪捜査のためのものではなく（同法74条の8）、通常の税務調査は納税者の承諾を得て進める任意調査です。国税庁の「税務調査手続に関するFAQ」も、提示・提出は趣旨を説明し「納税者の方の理解と協力の下、その承諾を得て行う」としています（正当な理由なく拒んだ場合の罰則規定はあります）。

同FAQの問8は、「宗教法人のように個人の信教に関する情報を保有している場合」について、調査に必要があると判断した場合には業務上の秘密に関する帳簿書類等であっても承諾を得て提示・提出を求めることがあり、調査担当者には秘密を漏らしてはならない義務がある、と回答しています。つまり「過去帳は宗教上の記録だから絶対に見られない」とは言えません。

他方、宗教法人法84条は、国や公共団体の機関が公租公課に関して宗教法人を調査する場合、「宗教法人の宗教上の特性及び慣習を尊重し、信教の自由を妨げることがないように特に留意しなければならない」と定めています。個人情報保護法27条1項1号は「法令に基づく場合」の提供を本人同意の例外としていますが、檀信徒・氏子の信仰に関わる情報ですから、求められた範囲と目的を確認したうえで対応することが望ましいと考えます。

調査官が確認したいのは「お金の流れ」

過去帳は戒名・俗名・没年月日などを記した宗教上の記録で、金額を記した帳簿ではありません。調査官が確認したいのは通常、法要や葬儀のお布施がいくら法人に入り、どう使われたか、法人の収入が住職個人に流れていないか、というお金の流れです。

例（仮定）：葬儀・法要のお布施を住職が個人名義の口座で受け取り、法人の収支計算書に計上していない。この場合、調査官は法人の収入の行き先を確認するため、法要の件数が分かる資料の提示を求めることがあると考えられます。法人に帰属すべきお布施を住職個人が受け取っていれば、法人から住職への給与とされ、源泉所得税の追徴につながる可能性があります。

反対に、お布施の受入記録（志納金受入簿や現金出納帳）が法要ごとに整い、法人口座への入金と一致していれば、過去帳まで確認する必要性は低くなると考えられます。お布施の記録を帳簿で示せる状態にしておくことが最も確実な備えです。

提示を求められたときの対応

• 何を確認するために、どの範囲（期間・項目）が必要なのかを調査官に確認します。収入の確認が目的なら、件数や日付が分かる範囲で足りることもあります。
• 帳簿書類の留置き（預かり）は、FAQでも承諾なく強制的に行うことはないとされています。預ける場合は預り証を受け取ります。
• 判断に迷う場合は即答せず、税理士に相談してから回答して差し支えありません。

以上は法令と国税庁の公表資料に基づく一般的な整理です。個別の対応は所轄税務署・税理士にご確認ください。

4. 税務調査の前に整えておく帳簿と書類

調査で確認されるのは、宗教法人法の備付け書類と税法上の帳簿の両方です。年に一度、次の一覧で確認しておくと、連絡が来てから慌てずに済みます。

帳簿書類の保存期間は、法人税法上、原則として確定申告書の提出期限の翌日から7年間（青色申告で欠損金が生じた事業年度は10年間）です。備付け書類と所轄庁への提出は「宗教法人の帳簿と所轄庁への提出書類」、給与と源泉徴収は「住職・宮司・職員の給与と源泉徴収」で詳しく解説しています。

一覧の中で最も重要なのは法人と個人の区分です。国税庁のパンフレットは、宗教活動に伴う収入や法人の資産から生ずる収入は全て宗教法人の収入であり、住職等の給与はあらかじめ適正な金額を定めて毎月一定の日に支給することが望ましいとしています。法人口座から生活費を引き出している状態は、調査で最も指摘を受けやすい点です。

5. 調査当日の対応と税理士の立会い

事前通知から当日まで

実地調査は原則として事前通知から始まります。国税通則法74条の9により、調査開始の日時・場所、調査の目的、対象税目、対象期間、対象となる帳簿書類などが通知されます。国税庁のFAQによれば通知は原則として電話で行われ、調査開始日までに「相当の時間的余裕」が置かれます。法要や祭事、彼岸・盆の繁忙期と重なる場合は、合理的な理由があれば口頭の申出で日時の変更を協議してもらえます。通知を受けたら対象期間と税目を控え、第4章の一覧に沿って資料を揃えてください。

当日の流れと心得

調査官は身分証明書を携帯しており、求めれば提示されます。当日は、法人の沿革、檀信徒・氏子の数、年間行事、収入の種類、住職・宮司の生活状況といった概況の聞き取りから始まり、帳簿や通帳の確認、境内の駐車場や授与所の現地確認へ進むのが一般的です。質問には事実をそのまま答え、記憶が曖昧なことは「確認して後日回答します」と伝えます。求められていない資料まで自主的に広げる必要はありません。

調査の終了と税理士の立会い

問題がなければ「更正決定等をすべきと認められない」旨が書面で通知されます（国税通則法74条の11）。指摘事項がある場合は内容・金額・理由の説明があり、修正申告を勧奨されます。応じるかどうかは納税者の任意ですが、修正申告をすると不服申立てはできなくなります（更正の請求はできます）。納得できない項目は、更正処分を受けて不服申立てをする道もありますので、税理士と相談して判断してください。

税理士が税務代理権限証書を提出していれば、調査に立ち会い、納税者に代わって主張・陳述ができます。証書に事前通知についての同意を記載しておけば通知は税理士に対して行われ、令和6年4月以後の様式には「調査の終了の際の手続に関する同意」欄もあります。税理士でない方（記帳を手伝う檀家総代など）が納税者の代わりに主張することは税務代理行為に当たるため、原則としてできません。当事務所の「税務調査サポート」では、資料整理から当日の立会い、調査後の修正申告までお手伝いしています。

「宗教法人の税務調査」に関するよくある質問

収益事業をまったく行っていない小さな寺院です。それでも税務調査は来ますか？

A. 可能性はあります。法人税の調査対象にはなりにくいものの、住職や職員に給与を払っていれば源泉所得税の調査対象になります。国税庁の統計でも、公益法人等への源泉所得税の実地調査は法人税の約10倍の件数です。お布施が住職個人の口座に入っている、住職の生活費を法人が負担している、といった状態は給与の源泉徴収漏れとして指摘されやすい点です。

過去帳の提示を求められたら、断ることはできますか？

A. 「絶対に断れる」とも「必ず見せなければならない」とも言えません。国税庁のFAQは、信教に関する情報を保有する宗教法人でも、調査に必要と判断した場合は承諾を得て提示を求めることがあると説明し、宗教法人法84条は調査の際に信教の自由を妨げないよう特に留意することを求めています。確認の目的と必要な範囲を調査官に尋ね、お布施の受入記録で代替できないか協議するのが現実的な対応です。迷う場合は即答せず税理士にご相談ください。

税務署から調査の電話が来ました。今から税理士に依頼しても間に合いますか？

A. 間に合います。事前通知から調査開始までには準備のための時間が置かれ、税理士が税務代理権限証書を提出すれば、以後の連絡や立会い、調査結果の説明を税理士が受けられます。法要や祭事の予定を理由に日時の変更を協議することもできます。通知された日時・税目・対象期間を控え、早めにご連絡ください。

宗教法人の税務調査の相談は、横浜の岩本隆一税理士事務所へ。

宗教法人の税務調査は、「宗教活動の収入は非課税だから関係ない」と考えていた法人ほど、源泉所得税や収益事業の区分で思わぬ指摘を受けることがあります。反対に、お布施の受入記録と法人・個人の区分を帳簿で示せる法人は、過去帳のような宗教上の記録に立ち入られる場面も少なく、落ち着いて調査を終えることができます。

岩本隆一税理士事務所では、事前通知を受けた後の資料整理と当日の立会い、調査前の帳簿点検（収益事業の区分経理、源泉徴収簿、法人と個人の口座の分離）、調査後の修正申告や納得できない指摘への対応をお手伝いしています。顧問契約は必須ではなく、税務調査の立会いだけのスポット対応も可能です。ご依頼に関する初回相談・お見積りは無料です。事務所は横浜駅から徒歩11分の横浜市西区平沼にあり、全国の宗教法人からのオンライン相談もお受けしています。

宗教法人の会計・税務相談のページを見る

参考（一次資料）

• 国税庁「令和8年版 宗教法人の税務」（源泉徴収義務、収益事業の範囲と区分経理、届出、損益計算書等の提出、消費税） https://www.nta.go.jp/publication/pamph/gensen/r08_shukyo.pdf
• 国税庁「令和6事務年度 法人税等の調査事績の概要」（令和7年12月、Ⅲ参考計表「4 公益法人等の調査事績」別表1〜5） https://www.nta.go.jp/information/release/kokuzeicho/2025/hojin_chosa/pdf/01.pdf
• 国税庁「税務調査手続に関するFAQ（一般納税者向け）」令和8年7月改訂（問3・7・8・10〜14・20・24〜27・32・33） https://www.nta.go.jp/information/other/data/h24/nozeikankyo/pdf/02.pdf
• 国税庁タックスアンサー No.5930「帳簿書類等の保存期間」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5930.htm
• 国税通則法 第74条の2（質問検査権）、第74条の7（提出物件の留置き）、第74条の8（権限の解釈）、第74条の9（事前通知）、第74条の11（調査の終了の際の手続）、第74条の13（身分証明書の携帯等） https://laws.e-gov.go.jp/law/337AC0000000066
• 宗教法人法 第25条（財産目録等の作成、備付け、閲覧及び提出）、第84条（宗教上の特性及び慣習の尊重） https://laws.e-gov.go.jp/law/326AC0000000126
• 個人情報の保護に関する法律 第27条第1項第1号（第三者提供の制限の例外：法令に基づく場合） https://laws.e-gov.go.jp/law/415AC0000000057
• 文化庁「宗教法人と宗務行政」（宗教法人数、令和6年12月31日現在） https://www.bunka.go.jp/seisaku/shukyohojin/gaiyo.html

執筆者紹介

岩本隆一税理士事務所
代表税理士・行政書士
岩本 隆一Ryuichi Iwamoto

準大手税理士法人で多くの実務を経験後、横浜市西区で独立。「経営者の孤独と本音に寄り添うパートナー」を信条に、代表自らが直接対応します。IT（クラウド会計・LINE）を活用して業務を進めます。土日祝・夜間の対応は事前予約制です。横浜F・マリノスを愛する生粋の横浜っ子です